#gatk
#гатк
Вопрос:
Я пытаюсь использовать повторную калибровку моего vcf с помощью gatk VariantRecalibrator, но продолжаю получать сообщение об ошибке «Недопустимое значение аргумента: были предоставлены позиционные аргументы». Но я не знаю, что это значит и как это исправить!
Вот мой звонок:
gatk VariantRecalibrator -R "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.fasta" -V "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz -AS --resource hapmap,known=false,training=true,truth=true,prior=15.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz" --resource omni,known=false,training=true,truth=false,prior=12.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_omni2.5.hg38.vcf.gz" --resource 1000G,known=false,training=true,truth=false,prior=10.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz" --resource dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=2.0: "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf" -an QD -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an FS -an SOR -mode SNP -O "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.AS.recal --tranches-file "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.AS.tranches --rscript-file "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz.output.plots.AS.R И ошибка, которую я вижу:
*********************************************************************** A USER ERROR has occurred: Illegal argument value: Positional arguments were provided ',/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_omni2.5.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz{/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf}' but no positional argument is defined for this tool. *********************************************************************** Я прочитал руководство и попытался погуглить, но не вижу, как этого избежать, Любая помощь очень ценится!