Блог

Я хотел бы удалить строки со значениями NaN из своего csv-файла с помощью pandas. Я хочу удалить строки, в которых значения NaN встречаются более 2 раз в моих образцах, описанных как P1-25, P1-93 и так далее.

Вот часть моего досье:

 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER P1-25 P1-93 P1-88 P1-6 P1-89 P1-26 P1-12 P1-92 P1-22 P1-90 P1-28 P1-95 0 chr1 1152 NaN G A 1355.640 NaN 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 4 chr1 1331 NaN A C 4171.070 NaN 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1 0/0 0/1 0/1 5 chr1 1349 NaN T C 11194.500 NaN 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 6 chr1 1401 NaN T G 10825.800 NaN 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 0/1 0/1 1/1 0/1 0/1 7 chr1 2348 NaN G T 920.614 NaN 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 NaN 1/1 1/1 1/1 1/1 NaN 8 chr1 4045 NaN G T 1917.920 NaN 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1 0/1 1/1  

И вот мой сценарий:

 import pandas as pd import numpy as np from less_memory_usage import remove_the_same_gt, to_csv  just_gt = remove_the_same_gt('data1.csv', 'data2.csv') just_gt_nan = just_gt.replace('.', np.nan) drop_dots = just_gt_nan.dropna(tresh=2,subset=['P1-25', 'P1-93', 'P1-88', 'P1-6', 'P1-89', 'P1-26', 'P1-12', 'P1-92', 'P1-22', 'P1-90', 'P1-28', 'P1-95'])  

К сожалению, это вызывает у меня такую ошибку:

 Traceback (most recent call last):  File "/home/tomasz/Pulpit/burak/finding_homozyg.py", line 31, in lt;modulegt;  'P1-22', 'P1-90', 'P1-28', 'P1-95'])  File "/home/tomasz/miniconda3/envs/burak/lib/python3.7/site-packages/pandas/util/_decorators.py", line 311, in wrapper  return func(*args, **kwargs) TypeError: dropna() got an unexpected keyword argument 'tresh'  

Я использую версию pandas 1.3.4.

Есть какие-нибудь решения? Большое спасибо!