Блог

Я новичок в этом сообществе и надеюсь, что мой пост верен.

Я попытался запустить тестовый пример на chromoMap, используя файл хромосом (chrom) и файл аннотаций (anno) ниже

 gt; read.table(chrom)  V1 V2 V3 1 7 1 1000 gt; read.table(anno)  V1 V2 V3 V4 1 An1 7 10 30 2 An2 7 15 40  

К сожалению, я постоянно сталкивался с ошибкой, показанной ниже. Я попытался заглянуть в код, но не смог разобраться в проблеме.

 gt; chromoMap(chrom,anno) ********************************** __ __ ************  ** __**|__ * __* __ * __ __ * __ *| | |* __ * __ ** **|__**| |*| *|__|*| | |*|__|*| | |*|_ |*|__|** ***********************************************| ** ***************************************************** OUTPUT:  Number of Chromosome sets: 1  Number of Chromosomes in set 1 : 1  Processing data..  Number of annotations in data set 1 : 2  Error in temp.list[[inputData[[h]]$ch_name[i]]] : subscript out of bounds  

Кроме того, столбцы, казалось, были распознаны правильно.

 gt; ncol(read.table(anno)) [1] 4 gt; ncol(read.table(chrom)) [1] 3   

Я знаю, что это тривиальная проблема, но я рад любым предложениям.

Спасибо!