#vcftools #bcftools
Вопрос:
У меня есть файл vcf с несколькими образцами, и я хочу получить таблицу идентификаторов в левом столбце с вариантами, в которых у них есть альтернативный аллель. Это должно выглядеть так:
ID1 chr2:87432:A:T_0/1 chr10:43234:C:G_1/1 ID2 chr2:87432_A:T_1/1 ID3 chr11:432434:T:G chr14:34234234:C:G chr20:34324234:T:C Это делается для того, чтобы затем прочитать в R
Я пробовал комбинации:
bcftools query -f '[%SAMPLEt] %CHROM:%POS:%REF:%ALT[%GT]n' но я продолжаю получать идентификаторы образцов, перекрывающиеся в одной и той же строке, и я не могу понять, что такое sytnax.
Ваша помощь была бы очень признательна