Блог

В настоящее время я пытаюсь запустить DESeqDataSetFromHTSeqCount в одном файле подсчетов, который я получил от HTSeq. По какой-то причине DESeqDataSetFromHTSeqCount не может найти мой каталог, и я получаю эту ошибку:

 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") :  cannot open file 'C:/Users/me/Documents/genomes//0': No such file or directory  

когда я запускаю getwd (), расположение файла правильное. Я понятия не имею, что означает /0, и у меня нет идей. Любые предложения будут полезны!!

Мой код для запуска таков:

 directory lt;- "C:/Users/me/Documents/genomes/"  setwd(directory)   countData lt;- read.csv("HTSeqoutputgene.txt", header = TRUE, sep = "t")   outputPrefix lt;- "SRR11_DESeq2"  sampleFileslt;- countData  condition lt;- "Treated"  sampleTable lt;- data.frame(sampleName = sampleFiles[1],  fileName = sampleFiles[2],  condition = condition)  dim(sampleTable) sampleTable$condition lt;- factor(sampleTable$condition)   ddsHTSeq lt;- DESeqDataSetFromHTSeqCount(sampleTable = sampleTable,  directory = directory,  design= ~ condition)  

Заранее спасибо