Блог

В настоящее время я работаю с данными о пептидах и пытаюсь извлечь отпечаток пары атомов из набора данных пептидов, который будет использоваться в классификаторе машинного обучения.

Я поместил свои пептидные последовательности в список (со всеми из них, преобразованными в строки СМАЙЛОВ), и теперь повторяю список, чтобы создать отпечаток пальца для каждого пептида. Но я понятия не имею, что происходит не так. Примечание: Я использую Google Colab, чтобы завершить это.

Вот мой код:

 pos = "/content/drive/MyDrive/pepfun/Training_format_pos (1).txt"  # pos sequences extract into list f = open(pos, 'r') file_contents = f.read() data = file_contents f.close()  newdatapos = data.splitlines() print(newdatapos)  !pip install rdkit-pypi import rdkit from rdkit import Chem  # fingerprints for pos sequences  from rdkit.Chem.AtomPairs import Pairs fingerprintpos = [] for item in newdatapos:  converteditem = rdkit.Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA(item))  atompos = Pairs.GetAtomPairFingerprint(converteditem)   fingerprintpos.append(atompos)  print(fingerprintpos)  

Мы будем очень признательны за любые советы. Спасибо!

Отпечатки пальцев рассчитываются по объектам mol, а не по УЛЫБКАМ. converteditem = Chem.MolFromFASTA(item) должно сработать.