#python #biopython
Вопрос:
Я пытаюсь запустить Muscle с помощью Biopython оболочки MuscleCommandline в PyCharm. Muscle находится на моем ПУТИ, поэтому я не указываю двоичный файл. Я работаю с stdout этим, а затем запишу в файл. Входной файл представляет собой 4 последовательности в формате fasta.
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline in_filename = /Volumes/DamianEx_2/Data/Results-10-16-2021-19-07/Cenpo/SPICILEGUS_genome/Fasta/above_threshold/MSA/to_align_rev_comp_QGOO01000298.1__rev.fasta cline = MuscleCommandline(input=in_filename) stdout, stderr = cline() Я получаю сообщение об ошибке:
Traceback (most recent call last): File "/Users/damian/PycharmProjects/freeda_2.0/freeda/msa_aligner.py", line 56, in run_msa stdout, stderr = cline() File "/Users/damian/anaconda3/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/Bio/Application/__init__.py", line 569, in __call__ raise ApplicationError(return_code, str(self), stdout_str, stderr_str) Bio.Application.ApplicationError: Non-zero return code -10 from 'muscle -in /Volumes/DamianEx_2/Data/Results-10-16-2021-20-20/Cenpo/SPICILEGUS_genome/Fasta/above_threshold/MSA/to_align_rev_comp_QGOO01000298.1__rev.fasta', message 'MUSCLE v3.8.1551 by Robert C. Edgar' Ввод довольно длинный, но он не жалуется, когда я запускаю его с помощью MafftCommandline оболочки.
Что я делаю не так?
Комментарии:
1. Мускул-устаревший выравниватель множественных последовательностей, я бы придерживался Маффта, с которым вы работаете
2. Это правда. Однако я надеялся перепроверить свои результаты, используя альтернативный выравниватель. Я также пробовал обертку ClustalW в Biopython, но она, похоже, тоже не работает для меня. Однако я приложу еще немного усилий для устранения неполадок. Я надеялся, что кто-нибудь может знать, что означает «код -10» в данном случае.