Блог

Я пытаюсь проанализировать некоторые данные по секвенированию РНК, но у меня проблемы с пониманием EdgeR. Я хочу отфильтровать чтение с низким количеством, но когда я запускаю свой код, я получаю сообщение об ошибке, что функция поддерживает только объекты DGEList в качестве аргумента объекта. Как я могу использовать filterbyExpr, сохраняя свои данные в качестве объекта списка DGEList?

 original_list lt;- read.delim("flies_raw_counts.csv", header=TRUE, row.names=1)  groups lt;- c(1,2)  DGEList lt;- DGEList(original_list, group=groups) filtered_list lt;- filterByExpr(original_list, group=groups)  bcv lt;- 0.1 #this is according to section of the userguide   DE_genes lt;- exactTest(filtered_list, dispersion = bcv^2)   

Это возвращает:

 Error in exactTest(filtered_list, dispersion = bcv^2) :   

В настоящее время поддерживает только объекты DGEList в качестве аргумента объекта.