#r #dataframe #import #pubmed
Вопрос:
Я ищу сценарий R, который примет список идентификаторов PMID в качестве входных данных и позволит мне создать фрейм данных, включающий идентификатор pmid, название, автора и «адрес» или принадлежность к автору. Я использовал следующий код для прямого поиска, но, похоже, не могу понять, как воспроизвести процесс с помощью «ручного» ввода идентификаторов PMID. Любая помощь или упрощенный код были бы великолепны!!
my_querylt;-'("critical care"[MeSH Major Topic] OR "Intensive Care Units"[MeSH Major Topic]) AND ("Covid-19"[MeSH Major Topic] OR "SARS-CoV-2"[MeSH Major Topic])' my_entrez_id lt;- get_pubmed_ids(my_query) my_abstracts_txt lt;- fetch_pubmed_data(my_entrez_id, format = "abstract") my_abstracts_xml lt;- fetch_pubmed_data(pubmed_id_list = my_entrez_id) my_PM_list lt;- articles_to_list(pubmed_data = my_abstracts_xml) xx lt;- lapply(my_PM_list, article_to_df, autofill = TRUE, max_chars = 50) #takes forever full_df lt;- do.call(rbind, xx) full_df[seq(1, nrow(full_df), by = 10), c("pmid", "doi", "title", "abstract", "year", "month", "day", "jabbrv", "journal", "lastname", "firstname", "address", "email")]