Блог

Я хотел бы получить значения корреляции для моих 15 тыс. генов с одной переменной, я создал цикл-сценарий ниже, но :

1. Меня интересуют значения FDR p, я попытался добавить adjust=»fdr», но это ничего не дает
2. Как лучше всего это представить, взять верхние переменные и использовать corplot?

Вот код, который я использую:

 spearman <- pval <- NULL
for(i in 2:ncol(data)){
   rho[i-1]  <- cor.test(data[,1],data[,i], method = "spearman")$estimate
   pval[i-1] <- cor.test(for_cor[,1],for_cor[,i], method = "spearman")$p.value
 }
res <- cbind(spearman,pval)
rownames(res) <- paste(colnames(data)[1],"vs",colnames(data)[2:ncol(data)])
head(res)
 

Я могу рассчитать это вручную,

 p.adjust(mypvalues,method="bonferroni")
 

это то, что ты бы сделал?

Спасибо, Джордж