Блог

В конечном счете, я пытаюсь установить пакет DESeq2 в R, но это не удается, потому что XML-пакет не будет установлен.Вот как воссоздать проблему:

 #Create a conda environment with python 3.6 (from Anaconda). 

conda create -n py36_test python=3.6

#Activate the new environment

conda activate py36_test

#Install R 4.0.2 from conda-forge

conda install -c conda-forge r-base=4.0.2

Start R

> install.packages('XML')
.....
....
checking for pkg-config... no
checking for xml2-config... /mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/bin/xml2-config
USE_XML2 = yes
SED_EXTENDED_ARG: -E
Minor 9, Patch 10 for 2.9.10
Located parser file -I/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/include/libxml2 -I/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/include/parser.h
Checking for 1.8:  -I/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/include/libxml2 -I/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/include
Using libxml2.*
checking for gzopen in -lz... yes
checking for xmlParseFile in -lxml2... no
checking for xmlParseFile in -lxml... no
configure: error: "libxml not found"
ERROR: configuration failed for package 'XML'
 removing '/mnt/data/miniconda_python3/miniconda3/envs/py36_test/lib/R/library/XML'

The downloaded source packages are in
    '/tmp/RtmphXKzlB/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status
 

Я пробовал различные решения, которые работали для других с той же проблемой, но в моем случае они не работают, например
apt install libxml2-dev libcurl4-openssl-dev .
Я на самом деле не уверен, что означают эти две строки в выводе:

 checking for xmlParseFile in -lxml2... no

checking for xmlParseFile in -lxml... no
 

Что именно он ищет?

Есть ли какой-либо способ повысить уровень отладки при расследовании проблемы с установкой R?

Может кто-нибудь объяснить, как я мог бы скомпилировать XML и установить его в R ?