Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как перекрыть различную информацию на графике PCA?

Как перекрыть различную информацию на графике PCA?

#r #visualization #pca

Вопрос:

Я попытался нарисовать модифицированный график PCA, представляющий два типа категорий.
Например, я хочу нарисовать PCA с 1) эллипсом PCA на основе Королевства, 2) точками выборки PCA, окрашенными переменной класса.
Вот пример набора данных.

 require(ggplot2)
require(ggfortify)

set.seed(1)
df <- structure(list(Sample = c("cat", "dog", "rabbit", "chicken", "duck", "butterfly", "ladybug", "rose", "lily", "iris", "maple tree", "pinetree", "ginkgo"), 
                     Class = c("mammalia", "mammalia", "mammalia", "bird", "bird", "insect", "insect", "flower", "flower", "flower", "tree", "tree", "tree"), 
                     Kingdom = c("animalia", "animalia", "animalia", "animalia", "animalia", "animalia", "animalia", "plantae", "plantae", "plantae", "plantae", "plantae", "plantae")), 
                class = "data.frame", row.names = c(NA, -13L))
rownames(df)<-df[,1]
df[,1]<-NULL

for(i in 3:20){
  df[,i]<-sample(100, size=nrow(df), replace=TRUE)
}
df[,c(3:20)]<-log(df[,c(3:20)] 1, base=2)

df #I ommitted the value from v13 to v20 for simplicity
              Class  Kingdom       V3       V4       V5       V6       V7       V8       V9      V10      V11      V12
cat        mammalia animalia 6.108524 5.781360 5.087463 5.357552 4.247928 5.614710 5.000000 5.129283 5.321928 6.303781
dog        mammalia animalia 5.321928 6.228819 6.409391 5.491853 4.523562 6.491853 4.169925 3.459432 4.643856 4.523562
rabbit     mammalia animalia 1.000000 3.000000 5.169925 4.700440 6.303781 4.584963 6.209453 1.000000 5.754888 6.149747
chicken        bird animalia 5.129283 6.209453 6.149747 6.149747 6.044394 6.409391 6.459432 5.459432 6.539159 4.857981
duck           bird animalia 6.459432 6.321928 6.228819 5.321928 6.149747 4.906891 6.392317 5.906891 6.442943 5.247928
butterfly    insect animalia 5.459432 6.426265 5.426265 5.700440 6.459432 3.807355 6.507795 4.754888 5.357552 5.954196
ladybug      insect animalia 3.906891 5.247928 5.285402 5.426265 6.149747 4.523562 5.614710 4.000000 6.614710 5.554589
rose         flower  plantae 6.375039 6.491853 4.392317 2.807355 6.247928 6.554589 6.022368 5.882643 6.392317 6.087463
lily         flower  plantae 5.906891 5.247928 4.857981 4.643856 6.357552 4.857981 6.569856 4.906891 6.507795 6.442943
iris         flower  plantae 5.700440 5.129283 4.392317 5.044394 6.658211 5.614710 6.599913 4.643856 5.169925 6.643856
maple tree     tree  plantae 6.614710 6.491853 5.491853 3.906891 3.807355 5.087463 5.930737 5.426265 5.459432 6.169925
pinetree       tree  plantae 6.426265 5.491853 6.459432 1.584963 5.357552 5.523562 5.700440 5.614710 1.000000 6.643856
ginkgo         tree  plantae 4.459432 6.321928 6.149747 5.523562 6.491853 4.459432 6.554589 6.266787 4.906891 5.700440

После инструктажа набора данных я нарисовал график PCA с помощью автоплота

 pca_df<-prcomp(df[,-c(1,2)], scale.=TRUE)
autoplot(pca_df)
autoplot(pca_df, data=df, colour='Kingdom', frame.type='norm')

введите описание изображения здесь

На этом графике я хочу наложить цвет в соответствии с классом

 pca_df<-prcomp(df[,-c(1,2)], scale.=TRUE)
autoplot(pca_df)
autoplot(pca_df, data=df, colour='Class')

введите описание изображения здесь

Таким образом, я хочу использовать представление эллипса из переменной Королевства и раскраску с переменной класса.
Как я могу объединить различные представления в одном графике PCA?

Дополнительная пробная
версия Я попытался нарисовать график PCA, используя другой пакет (factoextra), но он показал тот же результат.

 require (factoextra)

fviz_pca_ind(pca_df,
             col.ind=df$Kingdom,
             addEllipses = TRUE,
             col.ind.sup=df$Class,
             repel=TRUE)

введите описание изображения здесь

Ответ №1:

Вы можете указать frame.colour для эллипсов и colour для точек:

 autoplot(pca_df, data=df, colour='Class', frame.type='norm', frame.colour = "Kingdom")

введите описание изображения здесь

Комментарии:

1. Классно! Спасибо вам за быстрый и точный ответ! Могу я задать еще один вопрос? Знаете ли вы, как контролировать прозрачность границ каждой группы Королевства? Пункты, содержащиеся в дублированном, трудно различить..

2. @Ssong вы пробовали добавить alpha = 0.1 в качестве параметра autoplot ?

3. ДА. Но он контролировал прозрачность точек, а не граничной области..

4. О, я понимаю. frame.alpha=0.1 это правильный метод для окраски границ! Спасибо вам за подсказку!!

5. Сэр, у меня есть вопрос. Пока я создавал рисунок, я обнаружил, что в легенде были некоторые несоответствия. Как вы можете видеть, животные и растения-это Царство, а не Класс. Но эти две функции содержались в легенде класса и занимали ненужные цвета. Как я могу устранить их и назначить правильные цвета?

Метки: