Блог

Главная - Вопросы по программированию - Неожиданная ошибка при запуске оболочки Intel python3.7 : невозможно выполнить какую — либо команду- ошибка прерывания

Неожиданная ошибка при запуске оболочки Intel python3.7 : невозможно выполнить какую — либо команду- ошибка прерывания

# #python #python-3.x #conda #intel-oneapi

Вопрос:

Я получаю следующую ошибку, когда выполняю простую команду a=1 (или любую другую команду) после Intel python3 запуска оболочки в Debian 10:

 Python 3.7.11 (default, Sep  9 2021, 02:06:38)
[GCC 9.3.0] :: Intel Corporation on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Intel(R) Distribution for Python is brought to you by Intel Corporation.
Please check out: https://software.intel.com/en-us/python-distribution
(.startup.py)
(imported numpy as np)
(imported matplotlib.pyplot as plt)
(imported scipy.interpolate CubicSpline)
(imported scipy.interpolate interp1d)
(imported os)
(imported sys)
(imported glob)
(imported re)
>>> a=1
free(): invalid pointer
zsh: abort      /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/bin/python3.7

Что происходит?

Разрешения, кажется, в порядке:

 -rwxrwxr-x 1 19712 20M Sep  9 04:16 /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/bin/python3.7

Я не понимаю.

Правка 1

Gdb на python3 позволяет получить больше информации :

 gdb python3
GNU gdb (Debian 8.2.1-2 b3) 8.2.1
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3 : GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
Type "show copying" and "show warranty" for details.
This GDB was configured as "x86_64-linux-gnu".
Type "show configuration" for configuration details.
For bug reporting instructions, please see:
<http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/>.
Find the GDB manual and other documentation resources online at:
    <http://www.gnu.org/software/gdb/documentation/>.

For help, type "help".
Type "apropos word" to search for commands related to "word"...
Reading symbols from python3...done.
(gdb) file python3
Load new symbol table from "python3"? (y or n) y
Reading symbols from python3...done.
(gdb) r
Starting program: /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/bin/python3
[Thread debugging using libthread_db enabled]
Using host libthread_db library "/lib/x86_64-linux-gnu/libthread_db.so.1".
Python 3.7.11 (default, Sep  9 2021, 02:06:38)
[GCC 9.3.0] :: Intel Corporation on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Intel(R) Distribution for Python is brought to you by Intel Corporation.
Please check out: https://software.intel.com/en-us/python-distribution
(.startup.py)
(imported numpy as np)
(imported matplotlib.pyplot as plt)
(imported scipy.interpolate CubicSpline)
(imported scipy.interpolate interp1d)
(imported os)
(imported sys)
(imported glob)
(imported re)
>>> a=1
free(): invalid pointer

Program received signal SIGABRT, Aborted.
__GI_raise (sig=sig@entry=6) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:50
50  ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c: No such file or directory.
(gdb) bt
#0  __GI_raise (sig=sig@entry=6) at ../sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:50
#1  0x00007ffff7c56535 in __GI_abort () at abort.c:79
#2  0x00007ffff7cad508 in __libc_message (action=action@entry=do_abort, fmt=fmt@entry=0x7ffff7db828d "%sn")
    at ../sysdeps/posix/libc_fatal.c:181
#3  0x00007ffff7cb3c1a in malloc_printerr (str=str@entry=0x7ffff7db643b "free(): invalid pointer")
    at malloc.c:5341
#4  0x00007ffff7cb542c in _int_free (av=<optimized out>, p=<optimized out>, have_lock=<optimized out>)
    at malloc.c:4165
#5  0x00005555555f7abd in PyOS_Readline (sys_stdin=<optimized out>,
    sys_stdout=0x7ffff7df0760 <_IO_2_1_stdout_>, prompt=0x7ffff7656f20 ">>> ")
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/myreadline.c:377
#6  0x0000555555704c02 in tok_nextc (tok=0x55555633ca00)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/tokenizer.c:939
#7  0x000055555572c017 in tok_get (p_end=<optimized out>, p_start=<optimized out>, tok=<optimized out>)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/tokenizer.c:1373
#8  PyTokenizer_Get (p_end=<optimized out>, p_start=<optimized out>, tok=<optimized out>)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/tokenizer.c:1835
#9  parsetok (tok=<optimized out>, g=<optimized out>, start=<optimized out>, err_ret=<optimized out>,
    flags=<optimized out>) at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/parsetok.c:208
#10 0x00005555557cd310 in PyParser_ASTFromFileObject (fp=<optimized out>, filename=0x7ffff7778530,
    enc=<optimized out>, start=<optimized out>, ps1=<optimized out>, ps2=<optimized out>,
    flags=0x7fffffffd860, errcode=0x7fffffffd784, arena=0x7ffff783e390)
--Type <RET> for more, q to quit, c to continue without paging--
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Python/pythonrun.c:1222
#11 0x0000555555640ee6 in PyRun_InteractiveOneObjectEx (fp=0x7ffff7defa00 <_IO_2_1_stdin_>,
    filename=0x7ffff7778530, flags=0x7fffffffd860)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Python/pythonrun.c:236
#12 0x00005555556411cc in PyRun_InteractiveLoopFlags (fp=0x7ffff7defa00 <_IO_2_1_stdin_>,
    filename_str=<optimized out>, flags=0x7fffffffd860)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Python/pythonrun.c:120
#13 0x00005555557cd85e in PyRun_AnyFileExFlags (fp=0x7ffff7defa00 <_IO_2_1_stdin_>,
    filename=0x5555557ce4b8 "<stdin>", closeit=0, flags=0x7fffffffd860)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Python/pythonrun.c:78
#14 0x00005555557cdbdc in pymain_run_file (p_cf=0x7fffffffd860, filename=<optimized out>,
    fp=0x7ffff7defa00 <_IO_2_1_stdin_>)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Modules/main.c:462
#15 pymain_run_filename (cf=0x7fffffffd860, pymain=0x7fffffffd970)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Modules/main.c:1655
#16 pymain_run_python (pymain=0x7fffffffd970)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Modules/main.c:2916
#17 pymain_main (pymain=0x7fffffffd970)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Modules/main.c:3456
#18 0x00005555557cdd2c in _Py_UnixMain (argc=<optimized out>, argv=<optimized out>)
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Modules/main.c:3491
#19 0x00007ffff7c5809b in __libc_start_main (main=0x555555641820 <main>, argc=1, argv=0x7fffffffdac8,
--Type <RET> for more, q to quit, c to continue without paging--
    init=<optimized out>, fini=<optimized out>, rtld_fini=<optimized out>, stack_end=0x7fffffffdab8)
    at ../csu/libc-start.c:308
#20 0x0000555555733be9 in _start ()
    at /home/sat_bot/base/conda-bld/python_1631149597897/work/Parser/parser.c:325
(gdb)

Есть ли какие-либо полезные подсказки среди всей этой информации?

Edit 2

If I launch the shell as root, there isn’t this issue:

 # python3.7
Python 3.7.11 (default, Sep  9 2021, 02:06:38)
[GCC 9.3.0] :: Intel Corporation on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Intel(R) Distribution for Python is brought to you by Intel Corporation.
Please check out: https://software.intel.com/en-us/python-distribution
(.startup.py)
(imported numpy as np)
(imported matplotlib.pyplot as plt)
(imported scipy.interpolate CubicSpline)
(imported scipy.interpolate interp1d)
(imported os)
(imported sys)
Traceback (most recent call last):
  File "/root/.startup.py", line 16, in <module>
    import readline
ImportError: /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/lib/python3.7/site-packages/readline.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: tputs
>>> a=1
>>> a=np.arange(10)
>>> a
array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])
>>>

Edit 3

I kept researching on this issue.

If I do, like suggested:

 $ sudo python3.7
Python 3.7.3 (default, Jan 22 2021, 20:04:44)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> a=range(10)
>>> a
range(0, 10)
>>>

Тогда у меня нет ошибок, но все библиотеки из ~/.startup.py :

 print("(.startup.py)")
import numpy as np
print("(imported numpy as np)")
import matplotlib.pyplot as plt
print("(imported matplotlib.pyplot as plt)")
from scipy.interpolate import CubicSpline
print("(imported scipy.interpolate CubicSpline)")
from scipy.interpolate import interp1d
print("(imported scipy.interpolate interp1d)")
import atexit
print("(imported os)")
import os
print("(imported sys)")
import sys
import readline
import rlcompleter
print("(imported glob)")
import glob
print("(imported re)")
import re

недоступны.

Я думаю , что конфликт возникает из-за того, что с $ sudo pthon3.7 , я называю двоичным /usr/bin/python3.7 и нет /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/bin/python3.7 .

Как отличить две версии? или, может быть, как я мог бы избежать конфликтов между ними обоими?

Я также упоминаю , что с /opt/intel/oneapi/intelpython/python3.7/bin/python3.7 помощью оболочки python отображается:

 Python 3.7.11 (default, Sep  9 2021, 02:06:38)
[GCC 9.3.0] :: Intel Corporation on linux

Это означало бы, что GCC-9.3.0 установлен в моей системе, но на самом деле это не так: возможно, этот Intel python ожидает gcc-9.3 , что он в основном не установлен.

Это хорошая трасса?

Комментарии:

1. Нам нужно будет проверить двоичный файл, сравнить libc и другие библиотеки в вашей системе с теми, для которых он был скомпилирован, и т. Д.

2. Тем не менее, что-то, что вы могли бы сделать, чтобы собрать больше информации самостоятельно, — это запустить ее в gdb и собрать трассировку стека.

3. Попробуйте удалить (или переименовать) переменную PYSTARTUP среды.

4. В общем, использование сторонних двоичных файлов-не лучшая идея. Ваша производительность может быть лучше с версией Intel, но для надежности и совместимости я бы предпочел использовать среду выполнения Python, скомпилированную вашим дистрибутивом Linux, или, по крайней мере, скомпилированную на той же версии вашего дистрибутива Linux, с теми же библиотеками, которые он поставляется и с которыми был протестирован. (Исключением является использование стороннего менеджера пакетов, такого как Nix, поскольку он предоставляет полную экосистему зависимостей вплоть до libc, с rpath, скомпилированными для обеспечения фактического использования библиотек, которые он отправил).

5.И это работает, когда вы запускаетесь от имени root, не обязательно означает, что есть проблема с установкой. Использование sudo очищает множество переменных среды, включая LD_LIBRARY_PATH и LD_PRELOAD , по соображениям безопасности (а также по соображениям безопасности, заставляет игнорировать некоторые другие переменные). Таким образом, это очень легко может быть проблемой в пользовательской среде, вызванной настройкой, которой нет для учетной записи root.

Ответ №1:

Когда вы создаете setvars для oneAPI(или intel python), исполняемый файл intel python добавляется в системный путь текущего пользователя.

Переменная пути будет переменной среды, специфичной для вашего текущего пользователя. Таким образом, когда вы выполняете команду с помощью sudo, переменные среды не учитываются, поэтому вы выполняете 2 разных исполняемых файла python с sudo и без него.

Вы можете проверить это с помощью следующих команд

 sudo which python
which python

Если вам нужно использовать тот же исполняемый файл python, что и sudo и обычный пользователь, запустите sudo -E python , чтобы запустить оболочку с тем же двоичным файлом, что и у обычного пользователя.
(-E сохраняет переменные среды)

Версия gcc в выходных данных интерпретатора python просто ссылается на версию gcc, которая использовалась для создания двоичного файла python. Это не имеет никакого отношения к установленному вами gcc.

Ошибка в вашем запросе может быть вызвана наличием пользовательских пакетов в вашей среде pip, которые могут быть несовместимы друг с другом. Если бы вы могли создать новую среду с intel python, я бы предложил использовать conda, если у вас установлена anaconda, и проверить, по-прежнему ли вы получаете ошибку. Дайте мне знать, если у вас все еще возникают проблемы. PFB ссылка, которая руководит процессом установки.

https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/articles/using-intel-distribution-for-python-with-anaconda.html

Метки: