Блог

Здравствуйте, я хотел бы спросить, как построить функции выживания на одной диаграмме — у меня уже есть функция KM, визуализация одного узла дерева (survival_chart, plot_stree1), но я не знаю, как добавить функцию выживания случайного леса. (набор диаграмм в коде графика). Не могли бы вы, пожалуйста, помочь мне?

 library("ggplot2")
library("suvminer")
library("party")
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(ggfortify)
library("randomForestSRC")
library("partykit")
library("survival")
library(readxl)
library("ipred")
library ("rpart")
library("ROSE")
#uploading dataset
dane<- read_excel("example")
#survival KM function 
survival_func=survfit(Surv(dane$czas,dane$smierc == 1)~1)
survival_chart<-plot(survival_func, xlab="time", ylab="survival", ylim=c(0,1), xlim=c(0,100))
#Survival tree
detach("package:partykit", unload=TRUE)
xplr=ctree_control(mincriterion = 0.999, minsplit=150, minbucket=50, maxdepth=4)
stree1<-ctree(Surv(czas,smierc)~.,data=dane, controls=xplr)
out<-treeresponse(stree1)
out
class(out[[4]])
wnode <- where(stree1)
#survival function for most common features 
plot_stree1<-plot(out[[4]], conf.int = FALSE, mark.time = FALSE, xlab="time", ylab="survival", ylim=c(0,1), xlim=c(0,100))
#survival random forest 
pbc.obj <- rfsrc(Surv(czas,smierc)~.,data=dane, ntree=1000, tree.err=TRUE)
survival_forest_plot<-plot.survival(rfsrc(Surv(time_days,death)~age sex symptoms_days liczba_chorob icu intubed pneumonia diabetes asthma copd inmsupr obesity other_disease cardiovascular renal_chronic tobacco,data=dane, nsplit = 3, ntree=500, cens.model = "rfsrc"))