Блог

Я пытаюсь запустить следующий скрипт python:

 #!/usr/bin/env python

#Author Jared Adolf-Bryfogle



#Python Imports
import os
import sys
from pathlib import Path
from typing import Union
#Append Python Path
p = os.path.split(os.path.abspath(__file__))[0] "/src"
sys.path.append(p) #Allows all modules to use all other modules, without needing to update pythonpath

#Project Imports
from pic2.modules.chains.ProposedIgChain import ProposedIgChain
from pic2.modules.chains.IgChainSet import IgChainSet
from pic2.modules.chains.IgChainFactory import IgChainFactory
from pic2.modules.chains.AbChainFactory import AbChainFactory

from pic2.tools.fasta import *


class IgClassifyFASTA:
    """
    Identify CDRs from a Fasta File
    """
    def __init__(self, fasta_path: Union[Path, str]):
        self.fasta_path = str(fasta_path)
        self.outdir = os.getcwd()
        self.outname = "classified"
        self.fasta_paths = split_fasta_from_fasta(os.path.abspath(self.fasta_path), "user_fasta_split_" self.outname, self.outdir)


    def __exit__(self):
        for path in self.fasta_paths:
            if os.path.exists(path):
                os.remove(path)

    def set_output_path(self, outdir: Union[Path, str]):
        self.outdir = str(outdir)

    def set_output_name(self, outname: Union[Path, str]):
        self.outname = str(outname)

    
 

Моя версия python-3.8, а pic2-это conda env. Я получаю следующую ошибку:

 File "IgClassifyFASTA.py", line 29
    def __init__(self, fasta_path:Union[Path, str]):
SyntaxError: invalid syntax
 

Я не могу понять, что не так с этой строкой. Не могли бы вы любезно намекнуть мне, в чем дело? Я буду признателен за любую помощь.

С наилучшими пожеланиями!