Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как напечатать версию r в bash chunk?

Как напечатать версию r в bash chunk?

#r #bash

Вопрос:

Мне нужно распечатать свою версию r в виде фрагмента bash в файле r markdown. В моем терминале я могу распечатать версию с помощью «R —версия», но когда я пытаюсь выполнить эту команду в bash, я получаю следующую ошибку «R: команда не найдена». Когда я использую такие команды, как git —version в оболочке bash, она работает нормально. У кого-нибудь есть идеи, почему код R-версии отличается?

Спасибо!

Комментарии:

1. Вероятно, это связано с тем, что в другой среде отсутствует место, где находится двоичный файл R $PATH . Можете ли вы проверить в том, где он работает, что which R говорит, а затем в другой среде, можете ли вы проверить, включен ли этот каталог в $PATH (с echo $PATH )? (Добро пожаловать в SO).

2. Похоже, что R не входит в переменную среды PATH. Можете ли вы открыть R из командной строки, просто набрав R? Является ли bash вашей оболочкой по умолчанию или вы используете другую оболочку в интерактивном режиме по сравнению со сценарием?

3. Да, R находится на пути. Он открывается в командной строке при вводе R и включается в вывод echo $PATH.

4. Еще один интересный момент — R-версия работает в моей оболочке bash, только не в куске bash файла R Markdown

5. Скажем, в оболочке , где это работает, type R это покажет вам, что думает эта среда R . Если он указывает вам путь, замените R в своем файле уценки этот путь, в противном случае добавьте type вывод в свой вопрос..

Ответ №1:

 R -e 'cat(sessionInfo()$R.version$version.string, "n")'

Ответ №2:

Возможно, вы сможете попробовать это:

$(type R | grep -o '/.*') --version

type приведет вас к правильной версии R, grep извлечет путь, а затем вы сможете передать --version флаг, чтобы получить фрагмент R.

Клеммный выход:

 $ $(type R | grep -o '/.*') --version
R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.
Метки: