Блог

Я нахожусь на компьютере Mac m1. Я использую RStudio в Anaconda, и я хотел обновить пакеты R с помощью кнопки обновить. Однако при попытке обновления я получил ту же ошибку для многих пакетов. Вот один из примеров:

 > install.packages("askpass")
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/askpass_1.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 5730 bytes
==================================================
downloaded 5730 bytes

* installing *source* package ‘askpass’ ...
** package ‘askpass’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
x86_64-apple-darwin13.4.0-clang -I"/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/include" -DNDEBUG   -D_FORTIFY_SOURCE=2 -mmacosx-version-min=10.9  -I/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/include  -fPIC  -march=core2 -mtune=haswell -mssse3 -ftree-vectorize -fPIC -fPIE -fstack-protector-strong -O2 -pipe -I/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/include -fdebug-prefix-map=/opt/concourse/worker/volumes/live/59b7f007-fada-42cf-7435-5bbd0518eaa4/volume/r-base_1570124919999/work=/usr/local/src/conda/r-base-3.6.1 -fdebug-prefix-map=/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv=/usr/local/src/conda-prefix  -c askpass.c -o askpass.o
x86_64-apple-darwin13.4.0-clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/lib -Wl,-dead_strip_dylibs -Wl,-pie -Wl,-headerpad_max_install_names -Wl,-dead_strip_dylibs -Wl,-rpath,/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib -L/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib -o askpass.dylib askpass.o -L/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/lib -lR -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
ld: warning: -pie being ignored. It is only used when linking a main executable
ld: unsupported tapi file type '!tapi-tbd' in YAML file '/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/lib/libSystem.tbd' for architecture x86_64
clang-12: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/share/make/shlib.mk:6: askpass.dylib] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘askpass’
* removing ‘/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/library/askpass’
* restoring previous ‘/Users/kaili/opt/anaconda3/envs/renv/lib/R/library/askpass’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘askpass’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/18/sx26824d315c28x_q4qg2t3h0000gn/T/RtmpVpPrtm/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
 

Я новичок в R и Anaconda и понятия не имею, в чем может быть проблема. Любой намек был бы очень признателен. Спасибо!

Проще избегать использования install.packages() при использовании среды R, управляемой Conda, особенно когда пакет включает компиляцию. Вместо этого предпочитайте использовать Conda для установки. В данном конкретном случае используйте

 conda install -n renv -c conda-forge r-askpass
 

из сеанса оболочки.