Блог

Я пытаюсь развернуть свой проект python «транскриптомика», который работает в среде conda. Я использую gunicorn и инструмент супервизора для запуска при загрузке. Сам проект прекрасно работает в среде conda как в терминале, так и в pycharm, но когда я развертываюсь с супервизором на сервере, внешние инструменты, которые я использую внутри проекта subprocess.run , работают неправильно. Инструменты найдены (я думаю, потому что я указываю путь к бину conda env), но конфигурации этих установленных инструментов каким-то образом неправильны и вызывают ошибки, подобные приведенной ниже:

Эта установка инструментария sra не была настроена. Прежде чем продолжить, пожалуйста, запустите: vdb-config —interactive

моя среда ПУТИ в supervisor.conf выглядит следующим образом:

environment=PATH=»/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/home/ubuntu/anaconda3/envs/transcriptomics/bin:/home/ubuntu/anaconda3/condabin:/home/ubuntu/anaconda3/»,PYTHONPATH=/home/ubuntu:/home/ubuntu/disk/transcriptomics:/home/ubuntu/anaconda3/envs/transcriptomics/lib/python38.zip:/home/ubuntu/anaconda3/envs/transcriptomics/lib/python3.8:/home/ubuntu/anaconda3/envs/transcriptomics/lib/python3.8/lib-dynload:/home/ubuntu/anaconda3/envs/transcriptomics/lib/python3.8/site-packages

Есть ли какой-либо способ запустить свое приложение в правильно настроенной среде conda?