Блог

Главная - Вопросы по программированию - Статистика GSEA не определяется при выборе всех генов ОШИБКА в R с использованием функции gseGO

Статистика GSEA не определяется при выборе всех генов ОШИБКА в R с использованием функции gseGO

#r #dplyr #statistics

Вопрос:

 dfErbB <- read.csv(file.choose(), header=TRUE)
dfErbB$geneid <- substring(dfErbB$geneid, 1,18)original_gene_list <- dfErbB$log2FoldChange

Я исключил код здесь, потому что он содержит более 114 строк генов, но вот пример:

 dfErbB <- filter(dfErbB, geneid == "ENSMUSG00000026842" 
             | geneid == "ENSMUSG00000026596")

names(original_gene_list) <- dfErbB$geneid
gene_list <- na.omit(original_gene_list)
gene_list = sort(gene_list, decreasing = TRUE)
gse <- gseGO(geneList=gene_list, 
             ont ="ALL", 
             keyType = "ENSEMBL", 
             nPerm = 10000, 
             minGSSize = 3, 
             maxGSSize = 800, 
             pvalueCutoff = 0.05, 
             verbose = TRUE, 
             OrgDb = org.Mm.eg.db, 
             pAdjustMethod = "BH")

Данные представляют собой файл res из DESeq2. Я получил эту ошибку и не знаю, как это исправить. Есть какие-нибудь предложения?

Ошибка в FUN(X[[i]], …) : статистика GSEA не определена, когда выбраны все гены

Метки: