Блог

В настоящее время я пытаюсь запустить свое r-приложение через shinyproxy в сочетании с докером — к сожалению, безуспешно.

Приложение работает без проблем при запуске через R-Studio. Однако, как только я создаю образ докера и пытаюсь вызвать его, я получаю сообщение об ошибке «функция %>% не найдена>«.

Я думаю, что пакеты загружены неправильно, но я не могу сказать, почему. В моем файле настройки я ссылаюсь на «installLibrarys.Файл R», который содержит все библиотеки, необходимые мне для приложения. Я также адаптировал файл rProfile, чтобы каждый сеанс R загружал все библиотеки.

С аналогичным приложением, которое было менее обширным (но с почти идентичным dockerfile, а также applications.yml), хостинг через shinyproxy и docker работал без каких-либо проблем….

да, Вы можете найти мой файл Docker, мой Rprofile.site, мое приложение.yml и мои installLibrarys.R в конце поста.

Может быть, у кого-то есть идея, что еще я мог бы сделать. Если вам нужна дополнительная информация, не стесняйтесь обращаться ко мне! 🙂

Спасибо вам и с наилучшими пожеланиями

P.S.: Я знаю, что многие библиотеки «содержатся» в других и загружаются без необходимости — я еще не дошел до сортировки 😀

Rprofile.сайт

     ##                      Emacs please make this -*- R -*-
## empty Rprofile.site for R on Debian
##
## Copyright (C) 2008 - 2018  Dirk Eddelbuettel and GPL'ed
##
## see help(Startup) for documentation on ~/.Rprofile and Rprofile.site

# ## Example of .Rprofile
# options(width=65, digits=5)
# options(show.signif.stars=FALSE)
# setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
#         function(...) grDevices::ps.options(horizontal=FALSE))
# set.seed(1234)
# .First <- function() cat("n   Welcome to R!nn")
# .Last <- function()  cat("n   Goodbye!nn")

# ## Example of Rprofile.site
# local({
#  # add MASS to the default packages, set a CRAN mirror
#  old <- getOption("defaultPackages"); r <- getOption("repos")
#  r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
#  options(defaultPackages = c(old, "MASS"), repos = r)
#})

## We set the cloud mirror, which is 'network-close' to everybody, as default
local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://cloud.r-project.org"
    options(repos = r)
})

  library("shiny")
  library("rwhatsapp") 
  library("dplyr")     
  library("stringr")    
  library("grid")       
  library("gridExtra")  
  library("cowplot")    
  library("magick")     
  library("ggmap")      
  library("stopwords")  
  library("tidytext")   
  library("stringi")    
  library("ggplot2")
  library("tidyr")
  library("lubridate")
  library("ggtext")
  library("lattice")
  library("extrafont")
  library("showtext")
  library("ggfittext")
  library("sysfonts")
  library("png")
  library("shinyBS")
  library("shinyWidgets")
  library("bslib")
  library("shinycustomloader")
  library("magrittr")
  library("knitr")
 

Установочные пакеты.R

 r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)


  install.packages("shiny")
  install.packages("rwhatsapp") 
  install.packages("dplyr")     
  install.packages("stringr")    
  install.packages("grid")       
  install.packages("gridExtra") 
  install.packages("cowplot")    
  install.packages("magick")     
  install.packages("ggmap")      
  install.packages("stopwords")  
  install.packages("tidytext")   
  install.packages("stringi")    
  install.packages("ggplot2")
  install.packages("tidyr")
  install.packages("lubridate")
  install.packages("ggtext")
  install.packages("lattice")
  install.packages("extrafont")
  install.packages("showtext")
  install.packages("ggfittext")
  install.packages("sysfonts")  
  install.packages("png")
  install.packages("googleway")
  install.packages("shinyBS")
  install.packages("shinyWidgets")
  install.packages("bslib")
  install.packages("shinycustomloader")

  library(shiny)
  library(rwhatsapp)  
  library(dplyr)      
  library(stringr)    
  library(grid)       
  library(gridExtra)  
  library(cowplot)    
  library(magick)     
  library(ggmap)      
  library(stopwords)  
  library(tidytext)  
  library(stringi)    
  library(ggplot2)    
  library(tidyr)     
  library(lubridate)  
  library(ggtext)     
  library(lattice)    
  library(extrafont)    
  library(showtext)
  library(ggfittext)
  library(sysfonts)
  library(png)
  library(googleway)
  library(shinyBS)
  library(shinyWidgets)
  library(bslib)
  library(shinycustomloader)
 

Dockerfile

 FROM rocker/r-base:latest
LABEL maintainer="USER <user@example.com>"
RUN apt-get update amp;amp; apt-get install -y --no-install-recommends 
    sudo 
    libcurl4-gnutls-dev 
    libgtk2.0-dev
    xvfb
    xauth
    xfonts-base
    libcairo2-dev 
    libxt-dev 
    libssl-dev 
    libssh2-1-dev 
    libxml2-dev 
    libmagick  -dev
        amp;amp; rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN install.r shiny
RUN echo "local(options(shiny.port = 3838, shiny.host = '0.0.0.0'))" > /usr/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN addgroup --system app 
    amp;amp; adduser --system --ingroup app app
WORKDIR /home/app
COPY app .
RUN Rscript installPackages.R

RUN chown app:app -R /home/app
USER app
EXPOSE 3838
CMD ["R", "-e", "shiny::runApp('/home/app')"]
 

приложение.yml

 proxy:
  title: ShinyProxy
#  logo-url: https://link/to/your/logo.png
  landing-page: /
  favicon-path: favicon.ico
  heartbeat-rate: 10000
  heartbeat-timeout: 600000
  port: 8080
  container-wait-time: 60000
  admin-groups: admins
  hide-navbar: true
  # Docker configuration
  docker:
    cert-path: /home/none
    url: http://localhost:2375
    port-range-start: 20000
  specs:
  - id: 01_hello
    display-name: Hello Shiny App
    description: A simple reactive histogram
    container-image: #######:latest
    logo-url: ########
    access-groups: [admins, users]
  

logging:
  file:
    shinyproxy.log

spring:
  servlet:
    multipart:
      max-file-size: 2000MB
      max-request-size: 2000MB
 

Я нашел решение.

Я загрузил все библиотеки один раз в начале ui.r файла — не через функцию, а напрямую. Это не делает код приятнее, но он работает 😀