#dask #sage
Вопрос:
Недавно я пытался распараллелить некоторый код Sage (Sage 9.4 на MacBook Pro под управлением OSX 11.2.3) с помощью Dask. Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что, хотя я могу запускать Dask внутри Sage, он будет ломаться всякий раз, когда я включаю любой код, который не является «чистым python». В частности, он продолжает выбрасывать импортер. Вот основной пример того, с чем я сталкиваюсь
import time
from dask import delayed
from dask.distributed import Client
from time import sleep
client = Client(n_workers=4)
def Hello():
1 1 #this line breaks things by adding a sage operation
#if I remove it the code runs fine
return 'Hello World'
z = delayed(Hello)()
z.compute()
Этот код выдает следующую ошибку
Обратная связь
ImportError Traceback (most recent call last)
<timed eval> in <module>
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/dask/base.py in compute(self, **kwargs)
284 dask.base.compute
285 """
--> 286 (result,) = compute(self, traverse=False, **kwargs)
287 return result
288
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/dask/base.py in compute(*args, **kwargs)
566 postcomputes.append(x.__dask_postcompute__())
567
--> 568 results = schedule(dsk, keys, **kwargs)
569 return repack([f(r, *a) for r, (f, a) in zip(results, postcomputes)])
570
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/client.py in get(self, dsk, keys, workers, allow_other_workers, resources, sync, asynchronous, direct, retries, priority, fifo_timeout, actors, **kwargs)
2669 should_rejoin = False
2670 try:
-> 2671 results = self.gather(packed, asynchronous=asynchronous, direct=direct)
2672 finally:
2673 for f in futures.values():
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/client.py in gather(self, futures, errors, direct, asynchronous)
1946 else:
1947 local_worker = None
-> 1948 return self.sync(
1949 self._gather,
1950 futures,
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/client.py in sync(self, func, asynchronous, callback_timeout, *args, **kwargs)
843 return future
844 else:
--> 845 return sync(
846 self.loop, func, *args, callback_timeout=callback_timeout, **kwargs
847 )
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/utils.py in sync(loop, func, callback_timeout, *args, **kwargs)
324 if error[0]:
325 typ, exc, tb = error[0]
--> 326 raise exc.with_traceback(tb)
327 else:
328 return result[0]
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/utils.py in f()
307 if callback_timeout is not None:
308 future = asyncio.wait_for(future, callback_timeout)
--> 309 result[0] = yield future
310 except Exception:
311 error[0] = sys.exc_info()
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/tornado/gen.py in run(self)
733
734 try:
--> 735 value = future.result()
736 except Exception:
737 exc_info = sys.exc_info()
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/client.py in _gather(self, futures, errors, direct, local_worker)
1811 exc = CancelledError(key)
1812 else:
-> 1813 raise exception.with_traceback(traceback)
1814 raise exc
1815 if errors == "skip":
~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/distributed/protocol/pickle.py in loads()
73 return pickle.loads(x, buffers=buffers)
74 else:
---> 75 return pickle.loads(x)
76 except Exception:
77 logger.info("Failed to deserialize %s", x[:10000], exc_info=True)
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/rings/integer.pyx in init sage.rings.integer (build/cythonized/sage/rings/integer.c:54201)()
----> 1 r"""
2 Elements of the ring `ZZ` of integers
3
4 Sage has highly optimized and extensive functionality for arithmetic with integers
5 and the ring of integers.
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/rings/rational.pyx in init sage.rings.rational (build/cythonized/sage/rings/rational.cpp:40442)()
98
99
--> 100 import sage.rings.real_mpfr
101 import sage.rings.real_double
102 from libc.stdint cimport uint64_t
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/rings/real_mpfr.pyx in init sage.rings.real_mpfr (build/cythonized/sage/rings/real_mpfr.c:46795)()
----> 1 r"""
2 Arbitrary Precision Real Numbers
3
4 AUTHORS:
5
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/libs/mpmath/utils.pyx in init sage.libs.mpmath.utils (build/cythonized/sage/libs/mpmath/utils.c:9062)()
----> 1 """
2 Utilities for Sage-mpmath interaction
3
4 Also patches some mpmath functions for speed
5 """
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/rings/complex_mpfr.pyx in init sage.rings.complex_mpfr (build/cythonized/sage/rings/complex_mpfr.c:34594)()
----> 1 """
2 Arbitrary Precision Floating Point Complex Numbers
3
4 AUTHORS:
5
/var/tmp/sage-9.4-current/local/lib/python3.9/site-packages/sage/rings/complex_double.pyx in init sage.rings.complex_double (build/cythonized/sage/rings/complex_double.c:25284)()
96 from cypari2.convert cimport new_gen_from_double, new_t_COMPLEX_from_double
97
---> 98 from . import complex_mpfr
99
100 from .complex_mpfr import ComplexField
ImportError: cannot import name complex_mpfr
Единственный другой раз , когда я видел такого импортера, это когда я запускал sage внутри python и не включал a from sage.all import *
, поэтому мне интересно, не происходит ли то, что Даск пытается запустить мой код на python. Я также не уверен, относится ли это к проблеме Мудреца или Даска. Любая помощь будет очень признательна!
Комментарии:
1. Мне очень хотелось понравиться СагеМату, но это катастрофа. Что ты пытаешься с этим сделать?
2. @IgorRivin В целом, я очень доволен Sage. Я пытаюсь взять полные (более высокого порядка) производные многомерного (25 переменных) многочлена с коэффициентами в числовом поле. Как только я дойду до 5 или 6 производных, это потребует вычисления миллионов частных производных, что кажется очень распараллеливаемым. На случай, если вам интересно, приложение, которое я имею в виду, связано с геометрическими структурами на 3-многообразиях
3. 🙂 В последний раз я пробовал sage в сочетании с snappy, и это не сделало меня счастливым. Как вы пытаетесь распараллелить его? (возможно, было бы проще, если бы вы просто отправили мне электронное письмо по адресу Храма вместо того, чтобы общаться здесь через комментарии…)
4. Я не знаком с шалфеем, но работал с ДАСК октаву и другие языки, и я бы сказал, что если ты пытаешься данные мудрец операций с применением ДАСК я бы предположил, что лучшим вариантом является вызов ДАСК из Python, а затем внутри функции, которые вы посылаете в ДАСК клиента, импортировать в Python мудрец привязки и запустить мудрец через API-интерфейс Python, а не пытаться развернуть ДАСК кластер из шалфея. надеюсь, это будет полезно?
5. @SamBallas если вы опубликуете еще один вопрос, пытаясь вызвать sage из python в dask, я буду рад его проверить. Я не знаю, как вы могли получить ту же ошибку за пределами среды SAGE, так как 1 1, безусловно, не будет ошибкой в чистой среде python 🙂