Блог

Я сталкиваюсь с проблемой с geom_errorbar аргументом, в котором я получаю ошибку Error: geom_errorbar requires the following missing aesthetics: x or y, xmin and xmax .

У меня есть несколько наборов данных, и я хотел бы использовать их все для создания единой географической карты. Ниже приведен рабочий процесс и некоторые примеры данных. Желаемый график будет содержать данные о местоположении фона dat , центроиды в centroids и диапазоны ошибок x и y/стандартных отклонений для центроидов, которые вычисляются в centroids кадре данных (т. Е. «Longitude_weighted_sd» и «Latitude_weighted_sd».

 #packages
packages<-c('tidyverse','sf','rgdal','rnaturalearth','ggspatial','raster','sp', 'cowplot',
            'dplyr','ggplot2','lubridate','stargazer', 'purrr', 'geosphere', 'purrr')

lapply(packages, library, character.only = T)
library(ggplot2)
library(sf)
library(rnaturalearth)
library(rgdal)
library(ggspatial)
library(spData)
library(cowplot)
library(tidyverse)

#download geographical and upload personal/mock data 
world <- ne_countries(scale = "medium", returnclass = "sf")
states <- map_data("state")
data("us_states", package = "spData")

dat <- data.frame(Latitude = c(35.8, 35.85, 36.7, 35.2, 36.1, 35.859, 36.0, 37.0, 35.1, 35.2),
                  Longitude = c(-89.4, -89.5, -89.4, -89.8, -90, -89.63, -89.7, -89, -88.9, -89),
                  Period = c("early", "early", "early", "early", "early", "late", "late", "late", "late", "late"),
                  State = c("A", "A", "A", "T", "T", "T", "T", "A", "A", "A"))

#function to calculate weighted variance, sd, and se
weighted.var <- function(x, w = NULL, na.rm = FALSE) {
  if (na.rm) {
    na <- is.na(x) | is.na(w)
    x <- x[!na]
    w <- w[!na]
  }
  
  sum(w * (x - weighted.mean(x, w)) ^ 2) / (sum(w) - 1)
}
weighted.sd <- function(x, w, na.rm = TRUE) sqrt(weighted.var(x, w, na.rm = TRUE))
weighted.se <- function(x, w, na.rm = TRUE) sqrt(weighted.var(x, w, na.rm = TRUE))/sqrt(length(x))

#calculate centroids for "early" and "late" periods weighted by "State" observations
centroids <- dat %>% 
  group_by(Period, State) %>% 
  mutate(weight = 1/n()) %>%
  group_by(Period) %>%
  summarise(across(starts_with("L"), 
                   list(weighted_mean = ~ weighted.mean(.x, w = weight),
                        weighted_sd = ~ weighted.sd(.x, w = weight),
                        weighted_se = ~ weighted.se(.x, w = weight))))
 

Если я выну geom_errorbar аргумент, все будет отлично работать. Однако, когда я добавляю его, я получаю ошибку, которая geom_error requires the following missing aesthetics:x or y, xmin and xmax , однако, заключается в том, что я думал, что все уточнил. Ниже приведен код ggplot2. Любая помощь будет очень признательна!

 plot1 <- ggplot(data = world)  
  geom_sf(fill = "gray92")                                                            #light gray
  geom_polygon(data = states, aes(x = long, y = lat, group = group),                  #states outline
               color = "black", fill = NA)   
  geom_point(data = dat, aes(x = Longitude, y = Latitude, color = Period),            #background data 
             alpha = 0.2, size = 1)  
  geom_point(data = centroids, aes(x = Longitude_weighted_mean, y = Latitude_weighted_mean, 
                                       fill = period), size = 6, pch = 21)            #centroids
  geom_errorbar(data = centroids,
    aes(ymin = Latitude_weighted_mean - Latitude_weighted_sd,                    
        ymax = Latitude_weighted_mean   Latitude_weighted_sd,
        xmin = Longitude_weighted_mean   Longitude_weighted_sd,
        xmax = Longitude_weighted_mean   Longitude_weighted_sd),                      #errorbars
      )  
  theme_bw()   
  coord_sf(crs = " proj=aea  lat_1=29.5  lat_2=45.5  lat_0=37.5  lon_0=-96  x_0=0  y_0=0  ellps=GRS80  datum=NAD83  units=m  no_defs")  
  coord_sf(xlim = c(-92, -88), ylim = c(33.5, 36.7), expand = TRUE)      
  theme(plot.title = element_text(size = 20),
        legend.title = element_text(size = 20),                       
        legend.text = element_text(size = 16),
        axis.title = element_text(size = 20),
        axis.text = element_text(size = 16),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
        element_line(color = "black")) 
  annotate("text", label = "TN", size = 7, x = -88.3, y = 35.3)  
  annotate("text", label = "AR", size = 7, x = -91.7, y = 36)  
  annotate("text", label = "MS", size = 7, x = -89, y = 34)  
  xlab("Longitude")   ylab("Latitude")

plot1
 

Заранее благодарю вас за всех, кто готов помочь. -нм

Проблема в том, что вы пытаетесь двумя способами добавить строки ошибок через одну geom_errorbar , и поскольку сообщение об ошибке сообщает вам, что вы не предоставили x и не y предоставили . Вместо этого я бы предложил добавить ваши строки ошибок через две geom_errorbar строки, такие как:

 library(ggplot2)
library(rnaturalearth)
library(tidyverse)

ggplot(data = world)  
  geom_sf(fill = "gray92")   # light gray
  geom_polygon(
    data = states, aes(x = long, y = lat, group = group), # states outline
    color = "black", fill = NA
  )  
  geom_point(
    data = dat, aes(x = Longitude, y = Latitude, color = Period), # background data
    alpha = 0.2, size = 1
  )  
  geom_point(data = centroids, aes(
    x = Longitude_weighted_mean, y = Latitude_weighted_mean,
    fill = Period
  ), size = 6, pch = 21)   # centroids
  geom_errorbar(
    data = centroids,
    aes(
      x = Longitude_weighted_mean,
      ymin = Latitude_weighted_mean - Latitude_weighted_sd,
      ymax = Latitude_weighted_mean   Latitude_weighted_sd
    )
  )  
  geom_errorbar(
    data = centroids,
    aes(
      y = Latitude_weighted_mean,
      xmin = Longitude_weighted_mean - Longitude_weighted_sd,
      xmax = Longitude_weighted_mean   Longitude_weighted_sd
    )
  )  
  theme_bw()  
  coord_sf(xlim = c(-92, -88), ylim = c(33.5, 36.7), expand = TRUE)  
  theme(
    plot.title = element_text(size = 20),
    legend.title = element_text(size = 20),
    legend.text = element_text(size = 16),
    axis.title = element_text(size = 20),
    axis.text = element_text(size = 16),
    axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    element_line(color = "black")
  )  
  annotate("text", label = "TN", size = 7, x = -88.3, y = 35.3)  
  annotate("text", label = "AR", size = 7, x = -91.7, y = 36)  
  annotate("text", label = "MS", size = 7, x = -89, y = 34)  
  xlab("Longitude")  
  ylab("Latitude")