Блог

Я пытаюсь определить, присутствуют ли в строке названия лекарств, разбросанные по нескольким столбцам. Я использую str_detect, и в конечном итоге мне нужно ссылаться на индексы столбцов, так как я не знаю, сколько столбцов мне нужно использовать для поиска.

Примеры данных:

 string.to.search<-c("abc","bc","cd","e","f")
Drug1<-c("b","c","e","f",NA)
Drug2<-c("c","d",NA,NA,NA)
Drug3<-c(NA,NA,NA,NA,NA)

df<-as.data.frame(cbind(string.to.search, Drug1, Drug2, Drug3))
 

Я могу сделать это достаточно легко, обращаясь к столбцам, которые я хочу использовать в качестве поисковых запросов (в данном случае от 1 до 3), и достичь желаемого результата:

 df.new<-df%>%
  mutate(Found = str_detect(string.to.search, paste(Drug1, Drug2, Drug3, sep="|")))
 

Я обнаружил, что можно использовать индекс столбца, но это может работать только для одного столбца:

 df.new2<-df%>%
  mutate(Found = str_detect(string.to.search, .[[2]]))
 

Я не могу понять, как заставить это работать с несколькими индексами столбцов, чтобы я мог перейти от второго к последнему столбцу (у меня может быть 1 препарат или в будущем может быть 10). Когда я пытаюсь это сделать, я получаю следующую ошибку:

 df.new3<-df%>%
  mutate(Found = str_detect(string.to.search, .[[2:ncol(df)]]))
 

Ошибка: Проблема с mutate() колонкой Found .
i Found = str_detect(string.to.search, .[[2:ncol(df)]]) .
x сбой рекурсивной индексации на уровне 2

Когда я просто смотрю на то , что возвращается df[2:ncol(df)] , только три столбца с лекарствами возвращаются, как ожидалось, поэтому я чувствую, что должен использовать правильные индексы.

Любая помощь будет очень признательна.

• ps Я пробовал аналогичный код с grepl и получил те же результаты, но я рад использовать его вместо str_detect, если это более логично.

Если у вас string.to.search всегда есть пробелы (или что-то легко разделяемое), мы можем использовать %in% вместо совпадений строк; последнее может привести к ложным срабатываниям, если у вас есть совпадения подстрок.

 df <- structure(list(string.to.search = c("a b c", "b c", "c d", "e", "f"), Drug1 = c("b", "c", "e", "f", NA), Drug2 = c("c", "d", NA, NA, NA), Drug3 = c(NA_character_, NA_character_, NA_character_, NA_character_, NA_character_)), row.names = c(NA, -5L), class = "data.frame")
df
#   string.to.search Drug1 Drug2 Drug3
# 1            a b c     b     c  <NA>
# 2              b c     c     d  <NA>
# 3              c d     e  <NA>  <NA>
# 4                e     f  <NA>  <NA>
# 5                f  <NA>  <NA>  <NA>

df %>%
  mutate(
    Found = Reduce(`|`,
      lapply(subset(., select=Drug1:Drug3),
             function(z) mapply(`%in%`, z, strsplit(string.to.search, "  "))))
  )
#   string.to.search Drug1 Drug2 Drug3 Found
# 1            a b c     b     c  <NA>  TRUE
# 2              b c     c     d  <NA>  TRUE
# 3              c d     e  <NA>  <NA> FALSE
# 4                e     f  <NA>  <NA> FALSE
# 5                f  <NA>  <NA>  <NA> FALSE