#r #recursion #topology #phylogeny #ape
Вопрос:
У меня есть два филогенетических дерева, которые имеют одинаковую топологию (ожидайте длины ветвей).:
В R использовании ape :
t1 <- ape::read.tree(file="",text="(((HS:72,((CP:30,CL:30.289473923):32,RN:62):10):2,(CS:63,BS:63):11):5,LA:79);")
t2 <- ape::read.tree(file="",text="(((((CP:39,CL:39):29,RN:68):9,HS:77):5,(BS:63,CS:63):19):14,LA:96);")
> ape::all.equal.phylo(t1,t2,use.edge.length = F,use.tip.label = T)
[1] TRUE
Я хочу вычислить среднюю длину ветвей между этими двумя, но проблема в том, что, хотя их топологии идентичны, порядок, в котором представлены их узлы, не идентичен, и не все узлы дерева помечены подсказками, поэтому я не думаю, что существует простое решение для объединения:
> head(tidytree::as_tibble(t1))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 10 1 72 HS
2 12 2 30 CP
3 12 3 30.3 CL
4 11 4 62 RN
5 13 5 63 CS
6 13 6 63 BS
> tail(tidytree::as_tibble(t1))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 8 8 NA NA
2 8 9 5 NA
3 9 10 2 NA
4 10 11 10 NA
5 11 12 32 NA
6 9 13 11 NA
> head(tidytree::as_tibble(t2))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 12 1 39 CP
2 12 2 39 CL
3 11 3 68 RN
4 10 4 77 HS
5 13 5 63 BS
6 13 6 63 CS
> tail(tidytree::as_tibble(t2))
# A tibble: 6 x 4
parent node branch.length label
<int> <int> <dbl> <chr>
1 8 8 NA NA
2 8 9 14 NA
3 9 10 5 NA
4 10 11 9 NA
5 11 12 29 NA
6 9 13 19 NA
Поэтому мне непонятно, как я буду соотносить любую пару длин ветвей, чтобы получить их среднее значение.
Есть идеи, как их сопоставить или изменить t2 порядок в соответствии с t1 ?
Предположительно phytools , » matchNodes метод предназначен для этого, но не похоже, что он делает это правильно:
phytools::matchNodes(t1, t2,method = "descendants")
tr1 tr2
[1,] 8 8
[2,] 9 9
[3,] 10 10
[4,] 11 11
[5,] 12 12
[6,] 13 13
По крайней мере, я ожидал бы, что он будет правильно соответствовать подсказкам, а это значит:
dplyr::left_join(dplyr::filter(tidytree::as_tibble(t1),!is.na(label)) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t1.node=node),
dplyr::filter(tidytree::as_tibble(t2),!is.na(label)) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t2.node=node))
Joining, by = "label"
# A tibble: 7 x 3
t1.node label t2.node
<int> <chr> <int>
1 1 HS 4
2 2 CP 1
3 3 CL 2
4 4 RN 3
5 5 CS 6
6 6 BS 5
7 7 LA 7
Но этого не происходит.
В конечном счете, информация для сопоставления содержится в этих tree tibble s, потому что в них перечислены родители каждого узла, но практическое использование этой информации для сопоставления режимов, вероятно, требует некоторых рекурсивных шагов.
Комментарии:
1. Можете ли вы объединить по родителю и метке, а затем взять среднее значение длины ветвей?
2. Я так не думаю — смотрите мой обновленный пост
Ответ №1:
Похоже ape makeNodeLabel , что использование в md5sum качестве method аргумента, который помечает внутренние узлы метками наконечника, достигает этого:
t1 <- ape::read.tree(file="",text="(((HS:72,((CP:30,CL:30.289473923):32,RN:62):10):2,(CS:63,BS:63):11):5,LA:79);")
t2 <- ape::read.tree(file="",text="(((((CP:39,CL:39):29,RN:68):9,HS:77):5,(BS:63,CS:63):19):14,LA:96);")
dplyr::left_join(tidytree::as_tibble(ape::makeNodeLabel(t1, method = "md5sum")) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t1.node=node),
tidytree::as_tibble(ape::makeNodeLabel(t2, method = "md5sum")) %>% dplyr::select(node,label) %>% dplyr::rename(t2.node=node))
Joining, by = "label"
# A tibble: 13 x 3
t1.node label t2.node
<int> <chr> <int>
1 1 HS 4
2 2 CP 1
3 3 CL 2
4 4 RN 3
5 5 CS 6
6 6 BS 5
7 7 LA 7
8 8 da5f57f0a757f7211fcf84c540d9531a 8
9 9 9bffe86cf0a2650b6a3f0d494c0183a9 9
10 10 bcf7b41992a064acd2e3e66fee7fe2d4 10
11 11 d50e0698114c621b49322697267900b7 11
12 12 f0a8c7fa67831514e65cdadbc68c3d31 12
13 13 82ab4cf8ae4a4df14cf87a48dc2638e0 13