Блог

Это мой первый пост, и у меня не слишком много опыта в биоинформатике.

При запуске:

  doIMRMC(df_formated1)
 

из пакета iMRMC в google-лаборатории с ядром R я получил следующую ошибку:
выход

Затем я попытался решить проблему stdout и stderr со следующим кодом:

  iMRMCjarFullPath <- "/usr/local/lib/R/site-library/iMRMC/java/iMRMC-v4.0.3.jar"

 inputFile<-"/content/df_formated1"

 system2(command = "java", args = c("-jar", iMRMCjarFullPath, inputFile),stdout ="/content/result1",stderr = "/content/stderr.txt")
 

Но я получил следующее сообщение в файле stderr:

Исключение в потоке «main» Исключение java.awt.HeadlessException: переменная ОТОБРАЖЕНИЯ X11 не была установлена, но эта программа выполнила операцию, которая этого требует.

Интересно, как я мог бы установить переменную ОТОБРАЖЕНИЯ X11 в google-colaboratory.

Заранее большое спасибо.