Блог

Главная - Вопросы по программированию - R Расширенный выбор участка Volcano — метки, которые перекрывались бы, не отображаются

R Расширенный выбор участка Volcano — метки, которые перекрывались бы, не отображаются

#r #ggplot2 #plot #scatter-plot

Вопрос:

заранее спасибо за любую помощь!

Я пытаюсь пометить 10 лучших белков, регулируемых вверх и вниз, в своих данных, но некоторые метки не отображаются. Я думаю, это связано с тем, что некоторые изменения в складках очень похожи (например, 2.32 и 2.39). Есть ли способ это исправить? Мой код приведен ниже:

 if (!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE))
  install.packages('BiocManager')

BiocManager::install('EnhancedVolcano')


library(EnhancedVolcano)

#to label select proteins, adjust list in "selectLab" below. Make sure to remove all spaces from rownames in CSV. I have provisionally adjusted for isoforms by adding a, b etc - correct for this!
#github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano - good guide

EnhancedVolcano(mydata,
                lab=rownames(mydata),
                selectLab = c("HPX","DHX38","PPP1R7","PCDHGB4","RAD51D","LSM8","MYO9B","ACACB","ADAMTS13"),
                labSize=2,
                x="log2FoldChange",
                y="pvalue",
                title="Control v Treatment",
                legendPosition = "bottom",
                pCutoff = 0.05)
Метки: , ,