#r #for-loop #pdf #pdftools
Вопрос:
*Правка: Благодаря Мартину и небольшому количеству времени и внимания я смог получить код там, где мне это было нужно. Разве это некрасиво? Да, но это работает так, как мне сейчас полезно. Любые советы о том, как это исправить и сделать более эффективным, были бы очень полезны.
Используя фрейм данных trace_list
, я пытаюсь добавить значения из Title
и Year
в выходные данные каждого списка в цикле for. Следующий код открывает ссылку PDF каждого штата на странице 10, извлекает данные о городах (которые варьируются от 1 до 12 городов). Очистите/приведите в порядок данные и сохраните их в списке, который будет привязан после сбора данных из каждого PDF-файла. Прямо сейчас он выводит только название города и числовое значение.
data.frame(Link = c('https://www.atf.gov/file/146951/download','https://www.atf.gov/file/146966/download','https://www.atf.gov/file/146976/download','https://www.atf.gov/file/137041/download','https://www.atf.gov/file/137231/download','https://www.atf.gov/file/137301/download','https://www.atf.gov/docs/undefined/flwebsite17183911pdf/download','https://www.atf.gov/docs/undefined/kywebsite17183876pdf/download','https://www.atf.gov/docs/undefined/prwebsite17183917pdf/download'), Title = c('Alabama','California','District of Columbia','Alaska','Pennsylvania','Wyoming','Florida','Kentucky','Puerto Rico'), Year = c('2019','2019','2019','2018','2018','2018','2017','2017','2017'))
library(pdftools)
library(dplyr)
library(tabulizer)
library(english)
library(gsubfn)
library(rebus)
library(htmlwidgets)
citytrace <- list()
trace_list <- as.data.frame(trace_list)
for (i in seq_len(nrow(trace_list[c(1:159),]))) {
pdf_link <- trace_list[i, 1]
pdf_link <- paste0('',pdf_link,'')
gpi_table <- tabulizer::extract_tables(pdf_link,output = "data.frame",pages = c(10, 10), area = list(c(230,0,280,717), c(275,0,321,725)),guess = F)
city <- list(gpi_table)[[1]][[1]]
#city <- city[!Reduce(`|`, lapply(city[1], grepl, pattern = '^[0-9] $""')),]
city[city==""] <- NA
city <- setNames(rbind(names(city), city), names(city))
colnames(city) <- paste("V",seq(1,length(city),1),sep="")
#city <- ifelse(city[1,]=='city',city[-1,],city)
city <- if(length(city)>4){
a <- data.frame(t(city))
colnames(a) <- paste("X",seq(1,length(a),1),sep="")
a[,1] <- factor(paste(a$X1,a$X2,a$X3,a$X4, sep = " "))
a[,1] <- trimws(gsub("X|X\.[[:digit:]]|\.[[:digit:]]","",a$X1))
a <- a[,-c(2:4)]
} else {
city %>%
unite(city, 1:length(city), sep = " ", remove = FALSE) %>%
mutate_all(na_if,"") %>%
drop_na() %>%
mutate(city = trimws(city), city = str_replace(city," "," ")) %>%
select(city)
}
city <- ifelse(grepl(c("X|[[:digit:]]"),city),sapply(city, function(x) gsub(c('"*"|[[:digit:]] |X|,|\.|^c\(|\)$|'),"",x)),sapply(city, function(x) gsub("\."," ",x)))
city <- unique(data.frame(matrix(unlist(city), nrow=length(city), byrow=TRUE)))
city[which(city=="" | city=="NA"),] <- NA
city <- city[complete.cases(city), , drop=FALSE]
colnames(city) <- "city"
count <- list(gpi_table)[[1]][[2]]
count <- setNames(rbind(names(count), count), names(count))
colnames(count) <- paste("V",seq(1,length(count),1),sep="")
count <- ifelse(grepl("^X[[:digit:]] $|^X[[:digit:]] \.[[:digit:]] $",count),sapply(count,function(x) gsub("X|\.[[:digit:]]$","",x)),count)
count <- cbind(city,count)
library(english)
library(gsubfn)
result <- pdf_text(pdf_link)[10] %>%
str_split("n") %>%
first() %>%
as_tibble() %>%
mutate_all(list(~na_if(.,""))) %>%
filter(grepl("NOTE:|determined",value))
x3 <- ifelse(is.na(result[2,]),paste(result[1,], result[2,], sep=". "),paste(result[1,], result[2,], sep=" "))
x3 <- dplyr::tibble(line = 1, text = x3)
sv <- strsplit(x3$text, split = "\. ")
x3 <- data.frame(V1 = rep(x3$line, sapply(sv, length)), V2 = unlist(sv))
x3[1,2] <- gsubfn("\w ", setNames(as.list(1:10), as.english(1:10)), x3[1,2])
x3[2,2] <- gsubfn("\w ", setNames(as.list(1:10), as.english(1:10)), x3[2,2])
x3$V2 <- gsub(",","",x3$V2)
x3$V2 <- gsub("NA",0,x3$V2)
x3$city <- ifelse(grepl("additional",x3$V2),"Other","None")
library(rebus)
library(htmlwidgets)
trcount <- DGT %R% optional(DGT) %R% optional(DGT) %R% optional(DGT) %R% optional(DGT)
str_view_all(x3$V2,
pattern = trcount)
a0 <- str_match_all(x3$V2, pattern = trcount)
a0[[1]] <- a0[[1]][-1,1]
x3$count <- unlist(a0)
x4 <- as.data.frame(x3[,-c(1:2)])
x5 <- rbind(count,x4)
x5 <- x5 %>%
mutate(state = trace_list[i, 2],
year = trace_list[i, 3])
citytrace[[i]] <- x5
}
citytrace <- do.call(rbind,citytrace)
citytrace$city <- gsub(c(' NA| '), '', citytrace$city)
citytrace$count <- gsub(c('\.'), '', citytrace$count)
print(citytrace)
С чем у меня возникли проблемы, так это с присвоением значений «Название» и «Год» из «списка трассировки» циклическому выходу. Ожидаемые результаты ниже:
город | считать | государство | год |
---|---|---|---|
Бирмингем | 100 | Алабама | 2019 |
Фэрбенкс | 10 | Аляска | 2018 |
Я не совсем уверен, как начать это делать, и искал помощи в этом. Мы будем очень признательны за любые советы о том, как очистить код.
Комментарии:
1. (1) Здесь много кода. Действительно ли это минимальный воспроизводимый пример? (2) Вы должны поместить
library(...)
инструкции поверх своего кода. Внутри afor
-цикла их трудно обнаружить, и вы (не хотите) загружать их несколько раз.2. Исправлено 2. Что вам нужно для воспроизводимого примера? 10?
3. Я не могу запустить ваш код, но я думаю, что вашей проблеме не нужен весь показанный код. Если я правильно понимаю, у вас есть вывод в какой-то форме, и вы просто хотите добавить информацию о состоянии и годе. Таким образом, в основном вам нужно показать выходные данные, источник состояния/года (список трассировки) и желаемый результат.
4. Вот именно так.
5. Как выглядит
x5
в концеfor
цикла?
Ответ №1:
Поскольку я не могу запустить ваш код здесь, небольшое предложение для вашего кода
library(dplyr)
for (i in seq_len(nrow(trace_list))) {
pdf_link <- trace_list[i, 1]
# Do stuff with the URL
# probably you don't need the inner for-loop
# create the data.frame x5
x5 %>%
mutate(state = trace_list[i, 2],
year = trace_list[i, 3])
}
Некоторые замечания:
- Я не понимаю определения вашего
for
цикла: повторениеlist(trace_list[c(1:2),])
для меня не имеет никакого смысла. - Извлечение и хранение
url
pdf_link
данных лучше выполнять с помощьюpdf_link <- trace_list[i, 1]
. - Повторение
unlist(pdf_link)
также не имеет смысла для меня. Я думаю , вы можете использоватьtrace_list[i, 1]
trace_list[i, 2]
илиtrace_list[i, 3]
вместо этого.
Комментарии:
1. Для вашего первого замечания: я выбирал только первые две строки, чтобы проверить данные. Я исправил это сейчас, но это была моя ошибка, что я включил его туда. Поэтому, когда я запустил tabulizer::extract_tables, я получил сообщение об ошибке. В основном это был только выбор первой ссылки для запуска функции. Я посмотрел в Интернете и понял, что столбец для URL-адресов должен быть векторным. Я не знаю, как объяснить, кроме того, что функция работает сейчас.