Блог

Главная - Вопросы по программированию - Есть ли хитрый трюк для перевода набора Dnastring в R?

Есть ли хитрый трюк для перевода набора Dnastring в R?

#r

Вопрос:

Ниже приводится краткое описание моего кода, который генерирует большой набор DNAStringSet:

 library("BSgenome")  
library("Biostrings")
library ("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38")
ls("package:BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38")
genome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
seqinfo(genome)
df0<- read.csv("s",header=TRUE,sep=",",stringsAsFactors = FALSE, 
skip=0)`
df1 <- as.data.frame(df0$Gene)
names(df1) <- (c("Gene"))
df2 <- df1 %>% separate(Gene, c("Chr","start", "stop", "direction"), 
":")
df3 <- cbind(df1, df2) 
df3$Chr <- sub("^", "chr", df3$Chr )
df3$ntseq <- getSeq(genome, df3$Chr, start=as.integer(df3$start), 
end=as.integer(df3$stop))
ntseqs <- DNAStringSet(df3$ntseq)
aaseqs <- translate(ntseqs, genetic.code=GENETIC_CODE, 
no.init.codon="TRUE", if.fuzzy.codon="X")

Я получаю следующую ошибку:

Ошибка в переводе(ntseqs, genetic.code = ГЕНЕТИЧЕСКИЙ код, нет. init.кодон = «ИСТИНА», : неиспользуемые аргументы (genetic.code = ГЕНЕТИЧЕСКИЙ код, нет.init.кодон = «ИСТИНА», если.fuzzy.кодон = «X»)**

Комментарии:

1. Вам следует подумать о том, чтобы сделать этот пример более воспроизводимым, не зависящим от какого-либо произвольного файла csv в вашей файловой системе под названием «s». Сначала я бы проверил ntseqs , является ли это одним из классов, с которым работает translate() документация. Я не могу сильно помочь в этом без воспроизводимого примера.

Метки: