Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как я могу получить данные из запроса API генома UCSC в R?

Как я могу получить данные из запроса API генома UCSC в R?

#rest

Вопрос:

У меня есть следующий код для запроса API к геному UCSC:

 path2<- "https://api.genome.ucsc.edu/getData/track?genome=mm10;track=hub_186875_JASPAR2020_TFBS_mm10;chrom=chr1;start=4807788;end=4807913"
r2 <- GET(url = path2)
str(content(r2))

Последняя строка кода дает следующее:

 List of 12
 $ downloadTime                   : chr "2021:08:11T18:50:12Z"
 $ downloadTimeStamp              : int 1628707812
 $ genome                         : chr "mm10"
 $ trackType                      : chr "bigBed 6  "
 $ track                          : chr "hub_186875_JASPAR2020_TFBS_mm10"
 $ chrom                          : chr "chr1"
 $ chromSize                      : int 195471971
 $ bigDataUrl                     : chr "http://expdata.cmmt.ubc.ca/JASPAR/downloads/UCSC_tracks/2020/JASPAR2020_mm10.bb"
 $ start                          : int 4807788
 $ end                            : int 4807913
 $ hub_186875_JASPAR2020_TFBS_mm10:List of 422
  ..$ :List of 6
  .. ..$ chrom     : chr "chr1"
  .. ..$ chromStart: int 4807781
  .. ..$ chromEnd  : int 4807791
  .. ..$ name      : chr "ETV4"
  .. ..$ score     : int 267
  .. ..$ strand    : chr " "
  ..$ :List of 6
  .. ..$ chrom     : chr "chr1"
  .. ..$ chromStart: int 4807782
  .. ..$ chromEnd  : int 4807793
  .. ..$ name      : chr "PRDM4"
  .. ..$ score     : int 307
  .. ..$ strand    : chr "-"
  ..$ :List of 6
  .. ..$ chrom     : chr "chr1"
  .. ..$ chromStart: int 4807783
  .. ..$ chromEnd  : int 4807790
  .. ..$ name      : chr "NFATC2"
  .. ..$ score     : int 278
  .. ..$ strand    : chr "-"
  ..$ :List of 6
  .. ..$ chrom     : chr "chr1"
  .. ..$ chromStart: int 4807783
  .. ..$ chromEnd  : int 4807791
  .. ..$ name      : chr "RHOXF1"
  .. ..$ score     : int 186
  .. ..$ strand    : chr "-"

Я пытаюсь получить данные «$ name» (т. Е. имя фактора транскрипции, например «RHOXF1») в таблице или фрейме данных, но не знаю, с чего начать. У кого-нибудь есть какие-нибудь идеи?

Метки: