#r #phylogeny #ape
Вопрос:
Я пытаюсь рассчитать филогенетическое разнообразие с помощью ph_pd() из пакета phylocomr. У меня есть файл phyllo в формате nexus, представляющий собой дерево консенсуса, которое я получил из пула из 1000 деревьев, загруженных с bridtree.org а затем экспортируется с помощью
writeNexus(tree, file = "C:/R/pdtree.nex")
У меня также есть мой пример файла (.csv) с тремя столбцами и таблицей в качестве разделителя, который выглядит более или менее так
| образец | изобилие | вид.код |
|---|---|---|
| родословная 1 | 0 | разновидности1 |
| родословная 1 | 1 | разновидности2 |
| родословная 1 | 1 | разновидности3 |
| линия 2 | 0 | разновидности1 |
| линия 2 | 1 | разновидности2 |
| линия 2 | 0 | разновидности3 |
| … | … | … |
Примеры использования ph_pd (), которые можно найти в руководстве, следующие:
sfile <- system.file("examples/sample_comstruct", package = "phylocomr")
pfile <- system.file("examples/phylo_comstruct", package = "phylocomr")
# from data.frame
sampledf <- read.table(sfile, header = FALSE,
stringsAsFactors = FALSE)
phylo_str <- readLines(pfile)
ph_pd(sample = sampledf, phylo = phylo_str)
# from files
sample_str <- paste0(readLines(sfile), collapse = "n")
sfile2 <- tempfile()
cat(sample_str, file = sfile2, sep = 'n')
pfile2 <- tempfile()
phylo_str <- readLines(pfile)
cat(phylo_str, file = pfile2, sep = 'n')
ph_pd(sample = sfile2, phylo = pfile2)
И поэтому я попытался рассчитать pd для моего образца следующим образом:
sample_str <- paste0(readLines('C:/R/sample_phylo.csv'), collapse = "n") ##el archivo con solo datos de hospedadores para COLL1
sfile2 <- tempfile()
cat(sample_str, file = sfile2, sep = 'n')
pfile2 <- tempfile()
phylo_str <- readLines('C:/R/pdtree.nex') ##el arbol consenso que he exportado en formato nexus
cat(phylo_str, file = pfile2, sep = 'n')
ph_pd(sample = sfile2, phylo = pfile2)
И я получаю следующую ошибку:
Error in utils::read.table(text = out, header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) :
no lines available in input
Я уже преодолел несколько ошибок при расчете этого индекса, но именно так далеко я зашел, пока не застрял. Некоторые коллеги предположили, что проблема может быть связана с различием в разделении между моими файлами и файлами примеров (мои-это таблицы), но я не понимаю, как это взломать или исправить.
Было бы более благодарно, если бы кто-нибудь мог предложить решение.