Блог

Когда я запускаю devtools::install_github(«xzhoulab/идея») Я получаю следующую ошибку:

 Error: Failed to install 'iDEA' from GitHub:
  System command 'R' failed, exit status: 1, stdout   stderr (last 10 lines):
E> 4 warnings generated.
E> clang   -mmacosx-version-min=10.13 -std=gnu  11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o iDEA.so RcppExports.o iDEASummary.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/usr/local/Cellar/gcc/10.2.0_4/lib/gcc/10 -lgfortran -lquadmath -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
E> ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gcc/10.2.0_4/lib/gcc/10'
E> ld: library not found for -lgfortran
E> clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
E> make: *** [iDEA.so] Error 1
E> ERROR: compilation failed for package ‘iDEA’
E> * removin
 

Я пошел по пути, указанному в ошибке /usr/local/Cellar/gcc/10.2.0_4/lib/gcc/10, и обнаружил, что этого больше не существует, возможно, в какой-то момент его перезаписали? На его месте у меня теперь есть /usr/local/Подвал/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11. Однако я не могу понять, как изменить этот путь, поэтому R теперь указывает на установленную версию gcc, которую я установил с помощью brew на Mac.

Я попытался изменить файл ~/.R/Makevars на:

 CC=gcc-11
CXX=g  -11
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11/
 

Но в итоге я получил точно такую же ошибку.

Я указываю gcc-11, потому что в Clang также установлена gcc. Когда я вхожу в gcc-v, я получаю

 /usr/bin/gcc
(base) jp1017@PHS017838 ~ % gcc -v   
Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/c  /4.2.1
Apple clang version 12.0.5 (clang-1205.0.22.11)
Target: x86_64-apple-darwin20.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin
 

в то время как gcc-11-v получает

 Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc-11
COLLECT_LTO_WRAPPER=/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin20/11.1.0/lto-wrapper
Target: x86_64-apple-darwin20
Configured with: ../configure --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1 --libdir=/usr/local/Cellar/gcc/11.1.0_1/lib/gcc/11 --disable-nls --enable-checking=release --enable-languages=c,c  ,objc,obj-c  ,fortran,d --program-suffix=-11 --with-gmp=/usr/local/opt/gmp --with-mpfr=/usr/local/opt/mpfr --with-mpc=/usr/local/opt/libmpc --with-isl=/usr/local/opt/isl --with-zstd=/usr/local/opt/zstd --with-pkgversion='Homebrew GCC 11.1.0_1' --with-bugurl=https://github.com/Homebrew/homebrew-core/issues --enable-libphobos --build=x86_64-apple-darwin20 --with-system-zlib --disable-multilib --without-build-config --with-native-system-header-dir=/usr/include --with-sysroot=/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk
Thread model: posix
Supported LTO compression algorithms: zlib zstd
gcc version 11.1.0 (Homebrew GCC 11.1.0_1)

 

Мы очень ценим любую помощь.