Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как сохранить сюжет в формате pdf ? Активная область (Видовой экран) имеет нулевые размеры — ggplot2

Как сохранить сюжет в формате pdf ? Активная область (Видовой экран) имеет нулевые размеры — ggplot2

#r #ggplot2

Вопрос:

Всем привет, я использую ggplot2 для сохранения графика в PDF-файл, но на самом деле я получаю это сообщение об ошибке :

 Error in grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto),  : 
  The active area (Viewport) has zero dimensions

вот код, который я использую:

 library(ggplot2)
library(gggenes)
ggplot(data, aes(xmin = start, xmax = end, y = Scaff_name,fill=Category,forward=strand))  
    facet_wrap(~ fct_reorder(Scaff_name,Scaffold_length_x), scales = "free", ncol = 1)  
    geom_gene_arrow()

У кого — то уже была эта проблема ?? Есть ли способ создать объект сюжета без необходимости его отображения и возникновения этой проблемы ?

Вот данные, если они могут помочь понять проблему:

     structure(list(start = c(13, 129, 1544, 10134, 15093, 24864, 
30052, 39812, 40302, 46039, 16560, 37234, 106, 18372, 29056, 
33275, 9, 1, 1586, 1622, 2772, 1696, 3671, 614, 2275, 2502, 1416, 
8, 1768, 16, 16341, 15077, 13863, 1452, 11970, 14239, 15, 1226, 
21319, 6983, 5086, 5528, 15015, 4988, 11559, 4685, 5835, 8680, 
1, 22733, 28366, 31093, 40848, 36122, 14317, 1953, 872, 868, 
450, 476, 4132, 1944, 17150, 20291, 25612, 12869, 3896, 5207, 
496, 498, 484, 16115, 18388, 14252, 8008, 9793, 6213, 4338, 1267, 
24089, 31532, 16332, 251, 4389, 8660, 286, 269, 1587, 4200, 11396, 
14261, 18737, 34603, 3748, 7049, 1593, 178, 16694, 6184, 3, 14318, 
1, 6193, 54, 77), end = c(408L, 402L, 3431L, 10929L, 16119L, 
26430L, 31093L, 40124L, 44454L, 47773L, 16899L, 41173L, 10886L, 
27749L, 30087L, 35010L, 363L, 375L, 4163L, 4199L, 3171L, 2457L, 
4007L, 2063L, 3046L, 3288L, 1641L, 367L, 2262L, 367L, 22514L, 
15527L, 14127L, 2795L, 12249L, 14428L, 291L, 1708L, 23191L, 9798L, 
5428L, 10243L, 15512L, 8483L, 14868L, 5678L, 6701L, 10615L, 1614L, 
24403L, 30018L, 34572L, 43025L, 36401L, 17461L, 2859L, 1198L, 
1195L, 914L, 812L, 5485L, 3504L, 17405L, 21254L, 26623L, 13825L, 
4232L, 7088L, 834L, 837L, 2070L, 17165L, 29112L, 14537L, 8836L, 
12850L, 7994L, 4974L, 1948L, 24638L, 32492L, 23083L, 1409L, 4914L, 
9452L, 619L, 661L, 1827L, 4553L, 11558L, 16424L, 20107L, 35217L, 
4314L, 7403L, 1782L, 346L, 17057L, 7216L, 513L, 15539L, 2071L, 
9460L, 482L, 461L), Scaff_name = c("scaffold_100890 -  C", "scaffold_100890 -  C", 
"scaffold_102 -  C", "scaffold_102 -  C", "scaffold_102 -  C", 
"scaffold_102 -  C", "scaffold_102 -  C", "scaffold_102 -  C", 
"scaffold_102 -  C", "scaffold_102 -  C", "scaffold_1087 -  A", 
"scaffold_1087 -  A", "scaffold_1087 -  A", "scaffold_1087 -  A", 
"scaffold_1087 -  A", "scaffold_1087 -  A", "scaffold_113654 -  C", 
"scaffold_113654 -  C", "scaffold_11995 -  C", "scaffold_12023 -  C", 
"scaffold_13532 -  A", "scaffold_13907 -  A", "scaffold_13907 -  A", 
"scaffold_17089 -  C", "scaffold_17089 -  C", "scaffold_17331 -  A", 
"scaffold_19321 -  C", "scaffold_20156 -  C", "scaffold_20156 -  C", 
"scaffold_20156 -  C", "scaffold_2133 -  A", "scaffold_2133 -  A", 
"scaffold_2232 -  A", "scaffold_2232 -  A", "scaffold_2456 -  A", 
"scaffold_2640 -  C", "scaffold_29090 -  A", "scaffold_29090 -  A", 
"scaffold_3015 -  A", "scaffold_3015 -  A", "scaffold_3035 -  A", 
"scaffold_3035 -  A", "scaffold_3035 -  A", "scaffold_3287 -  A", 
"scaffold_3287 -  A", "scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", 
"scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", 
"scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", 
"scaffold_3720 -  A", "scaffold_3720 -  A", "scaffold_3760 -  C", 
"scaffold_37691 -  C", "scaffold_37691 -  C", "scaffold_39976 -  A", 
"scaffold_39976 -  A", "scaffold_4174 -  C", "scaffold_4174 -  C", 
"scaffold_4174 -  C", "scaffold_4174 -  C", "scaffold_4174 -  C", 
"scaffold_4174 -  C", "scaffold_4286 -  A", "scaffold_4286 -  A", 
"scaffold_46093 -  C", "scaffold_46093 -  C", "scaffold_4982 -  A", 
"scaffold_4982 -  A", "scaffold_4982 -  A", "scaffold_4982 -  A", 
"scaffold_4982 -  A", "scaffold_4982 -  A", "scaffold_5348 -  C", 
"scaffold_5348 -  C", "scaffold_5447 -  C", "scaffold_596 -  A", 
"scaffold_596 -  A", "scaffold_596 -  A", "scaffold_596 -  A", 
"scaffold_596 -  A", "scaffold_596 -  A", "scaffold_61047 -  C", 
"scaffold_61047 -  C", "scaffold_6109 -  A", "scaffold_6109 -  A", 
"scaffold_617 -  A", "scaffold_617 -  A", "scaffold_617 -  A", 
"scaffold_617 -  A", "scaffold_6379 -  C", "scaffold_6379 -  C", 
"scaffold_7530 -  C", "scaffold_75374 -  C", "scaffold_7551 -  A", 
"scaffold_7613 -  C", "scaffold_77358 -  C", "scaffold_8350 -  A", 
"scaffold_8350 -  A", "scaffold_8350 -  A", "scaffold_84098 -  C", 
"scaffold_84098 -  C"), Category = c("Repeat element", "Felidae", 
"Ursidae", "Ursidae", "Ursidae", "Canidae", "Ursidae", 
"Ursidae", "Ursidae", "Ursidae", "Canidae", "Eukaryote gene", 
"Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", 
"Felidae", "Repeat element", "Griseidae", "Griseidae", 
"Hominidae", "Repeat element", "Felidae", "Unknown_EVE", 
"Unknown_EVE", "Hominidae", "Herpesviridae", "Repeat element", 
"Repeat element", "Felidae", "Eukaryote gene", "Unknown_EVE", 
"Canidae", "Eukaryote gene", "Canidae", "Felidae", 
"Felidae", "Repeat element", "Canidae", "Eukaryote gene", 
"Canidae", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Ursidae", 
"Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", 
"Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", 
"Eukaryote gene", "Canidae", "Eukaryote gene", "Rhabdoviridae", 
"Repeat element", "Felidae", "Repeat element", "Felidae", 
"Ursidae", "Ursidae", "Canidae", "Ursidae", "Ursidae", 
"Eukaryote gene", "Canidae", "Eukaryote gene", "Repeat element", 
"Felidae", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", 
"Canidae", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Repeat element", 
"Iridoviridae", "Unknown_EVE", "Ursidae", "Ursidae", "Eukaryote gene", 
"Ursidae", "Ursidae", "Canidae", "Felidae", 
"Repeat element", "Canidae", "Eukaryote gene", "Laridae", 
"Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Eukaryote gene", "Repeat element", 
"Felidae", "Felidae", "Felidae", "Canidae", 
"Rhabdoviridae", "Canidae", "Hominidae", "Eukaryote gene", 
"Eukaryote gene", "Repeat element", "Felidae"), strand = c(-1L, 
-1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, 1L, -1L, 
-1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 
1L, -1L, 1L, -1L, 1L, -1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 
-1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, -1L, 1L, -1L, -1L, 1L, -1L, -1L, 
1L, 1L, -1L, -1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 
1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, 1L, -1L, -1L, 1L, 1L, 1L, -1L, 
-1L, 1L, -1L, -1L, -1L, 1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, -1L, 1L, 1L, 1L, 1L, -1L, 1L, 1L), Scaffold_length_x = c(413, 
413, 50156, 50156, 50156, 50156, 50156, 50156, 50156, 50156, 
41560, 41560, 41560, 41560, 41560, 41560, 376, 376, 5123, 5439, 
7387, 4156, 4156, 3329, 3329, 5373, 2903, 3501, 3501, 3501, 32761, 
32761, 30445, 30445, 14704, 16355, 1708, 1708, 29114, 29114, 
19564, 19564, 19564, 15137, 15137, 43487, 43487, 43487, 43487, 
43487, 43487, 43487, 43487, 43487, 43487, 11559, 1198, 1198, 
1106, 1106, 29466, 29466, 29466, 29466, 29466, 29466, 19456, 
19456, 919, 919, 33464, 33464, 33464, 33464, 33464, 33464, 9305, 
9305, 9191, 36369, 36369, 36369, 36369, 36369, 36369, 662, 662, 
8463, 8463, 46036, 46036, 46036, 46036, 8190, 8190, 7635, 535, 
19568, 10064, 522, 16120, 16120, 16120, 484, 484)), row.names = c(NA, 
-105L), class = "data.frame")

Комментарии:

1. У меня сейчас нет компьютера под рукой, поэтому я не могу проверить ваше сообщение об ошибке. Для экономии вы могли бы попробовать cairo_pdf() . Но если ваш сюжет настолько нарушен, что он даже не будет отображаться, он тоже не работает.

2. График не отображается, но когда я использую экспорт вручную, я могу видеть график.

3. Сюжет прекрасно смотрится без граней. Почему вы используете Scaff_name как переменную оси y, так и фасет (что дает вам только одну строку на фасет). Это, кажется, не имеет особого смысла.

Метки: