Блог

Главная - Вопросы по программированию - Python, tifffile tiff сохранил мое изображение стека как многоканальное

Python, tifffile tiff сохранил мое изображение стека как многоканальное

#python #imagej

Вопрос:

Я пытаюсь сохранить стек изображений с помощью tifffile.imwrite на python. Но когда я открываю свое изображение в ImageJ, у меня 100 каналов вместо 100 планов.

Я сохраняю свое изображение таким образом :

 tifffile.imwrite('my_image.tif',
                 image.astype('float32'),
                 shape=image.shape,
                 imagej=True,
                 resolution=(1/X_SIZE, 1/Y_SIZE),
                 metadata={'spacing': Z_SIZE,
                           'unit': 'um',
                           'axes': 'ZXY',
                           })

Заранее спасибо за ваш ответ.

Комментарии:

1. Похоже, вы используете устаревшую версию tifffile, в которой не используется аргумент axes. Попробуйте обновить файл tiff и используйте 'axes': 'ZYX' .

2. Спасибо. Это действительно была проблема версии. Я думал, что был последней версией tifffile, когда устанавливал его с помощью conda, но он устанавливал версию 2020..3.

Метки: ,