#python #simulation #bioinformatics
Вопрос:
Evolver — это набор программ, предназначенных для моделирования эволюции нуклеотидной последовательности целого генома. http://www.drive5.com/evolver/
Evolver Sim Control (eSC) — это менеджер моделирования на основе дерева заданий для набора инструментов Evolver genome evolution simulation. https://github.com/dentearl/evolverSimControl
Я загрузил все необходимые файлы и организовал их, чтобы иметь возможность запускать программу. Я работаю с eSC и пытаюсь запустить приведенный пример моделирования, но это не удается. Я запускаю его на виртуальной машине Linux, Ubuntu — Oracle VM VirtualBox на python 2.7 с 4 ГБ оперативной памяти, так как Evolver должен запускать двоичные файлы. Я попытался запустить его на python3, но все равно получаю ту же ошибку. Я также запустил его на своей машине с Windows с 12 ГБ, и я получаю ту же ошибку. Я попытался отследить ошибку, но не могу точно определить проблему с точки зрения того, что именно ее вызывает. Я изменил размер файла для ввода, но по-прежнему ничего. Это не может быть вводом, так как это заданная команда строки. Я не думаю, что это проблема с каталогом, так как в нем будет написано «Не могу найти …».
Ввод:
python2 simCtrl_runSim.py --inputNewick '(Knife:0.004, (Fork:0.003, (Ladle:0.002, (Spoon:0.001, Teaspoon:0.001)S-TS:.001)S-TS-L:.001)S-TS-L-F:0.001);' --outDir toyExampleSim --rootDir toy/root/ --rootName hg18 --paramsDir toy/params/ --jobTree jobTreeToyExampleSim --maxThreads 1 --seed 1
ЖУРНАЛ ВЫХОДНЫХ ДАННЫХ ВЕДОМОГО УСТРОЙСТВА JOBTREE
Traceback (most recent call last):
File "/home/david/Desktop/SimControl/evolverSimControl/lib/jobTree/src/jobTreeSlave.py", line 271,
in main
defaultMemory=defaultMemory, defaultCpu=defaultCpu, depth=depth)
File "/home/david/Desktop/SimControl/evolverSimControl/lib/jobTree/scriptTree/stack.py", line 15,
in execute
self.target.run()
File "/home/david/Desktop/SimControl/evolverSimControl/lib/libSimControlClasses.py", line 180,
in run
self.getLocalTempDir(), self.options)
File "/home/david/Desktop/SimControl/evolverSimControl/lib/libSimControl.py", line 1081,
in runEvolverInterCmds
p1 = subprocess.Popen(cmd1, cwd = localTempDir)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 394,
in __init__
errread, errwrite)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1047,
in _execute_child
raise child_exception
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'rfind'
Exiting the slave because of a failed job on host david-VirtualBox
Due to failure we are reducing the remaining retry count of job /home/david/Desktop/SimControl/evolverSimControl/lib/jobTreeToyExampleSim/jobs/t1/job to 0
We have set the default memory of the failed job to 2147483648 bytes
Любые рекомендации приветствуются. Спасибо