Блог

Я использую R markdown без каких-либо проблем уже более года, но в последнее время я не могу отображать графики в связанном html, созданном R markdown. Вместо отображения самого сюжета отображается путь к сюжету, с которым я никогда раньше не сталкивался.

Это происходит как с версией R 3.6.0, так и с версией R 4.0.1. В папке figures-html, которая создается при рендеринге html, график есть и правильный.

Мое предположение состоит в том, что это связано с какой-то версией пакета, поскольку мы недавно обновили его до версии R 4.0.1, но я еще не мог привязать его к конкретному пакету.

Я был бы признателен за любую помощь в определении того, в чем может быть причина этого.

Пожалуйста, найдите упрощенную версию кода ниже: (Спецификации кода в файле уценки все ««{r}»)

 ---
title: "mock"
author: "me"
date: July 15, 2021
output: 
  html_document: 
    toc: yes
    self_contained: true
    df_print: paged
    theme: "flatly"
---

Last modified: 2021-07-13

paste0("Created on ", Sys.Date())

#rmarkdown::render(input="tets.Rmd", output_format="html_document", output_file="mock.html")
 

Загрузка данных

 library(pacman)
pacman::p_unload('all')

library(httpuv)
library(caTools)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)
library(tibble)
library(tidyr)
library(ggplot2)
library(readxl)
library(data.table)
library(cowplot)
library(stringr)
library(readxl)
library(purrr)

library(knitr)
library(rmarkdown)


data(mtcars)

hist(mtcars$hp)


print (version)
print(sessionInfo())
 

информация о сеансе. Выход:

 ## R version 3.6.0 (2019-04-26)
## Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
## Running under: CentOS Linux 7 (Core)
## 
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8     LC_MONETARY=en_US.UTF-8   
##  [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] rmarkdown_2.8     knitr_1.33        purrr_0.3.4       stringr_1.4.0     cowplot_1.1.1     data.table_1.14.0 readxl_1.3.1      ggplot2_3.3.3    
##  [9] tidyr_1.1.3       tibble_3.1.2      patchwork_1.0.1   Seurat_3.2.0      dplyr_1.0.6       caTools_1.18.0    httpuv_1.5.4     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##   [1] Rtsne_0.15            colorspace_1.4-1      deldir_0.1-28         ellipsis_0.3.2        ggridges_0.5.2        rstudioapi_0.11      
##   [7] spatstat.data_1.4-3   leiden_0.3.3          listenv_0.8.0         farver_2.0.3          ggrepel_0.8.2         fansi_0.4.1          
##  [13] codetools_0.2-16      splines_3.6.0         polyclip_1.10-0       jsonlite_1.7.1        ica_1.0-2             cluster_2.0.8        
##  [19] png_0.1-7             uwot_0.1.8            shiny_1.5.0           sctransform_0.2.1     compiler_3.6.0        httr_1.4.2           
##  [25] assertthat_0.2.1      Matrix_1.3-4          fastmap_1.0.1         lazyeval_0.2.2        limma_3.42.2          cli_2.0.2            
##  [31] later_1.1.0.1         htmltools_0.5.0       tools_3.6.0           rsvd_1.0.3            igraph_1.2.5          gtable_0.3.0         
##  [37] glue_1.4.2            RANN_2.6.1            reshape2_1.4.4        rappdirs_0.3.1        Rcpp_1.0.5            spatstat_1.64-1      
##  [43] cellranger_1.1.0      vctrs_0.3.8           ape_5.4-1             nlme_3.1-139          lmtest_0.9-37         xfun_0.23            
##  [49] globals_0.12.5        mime_0.9              miniUI_0.1.1.1        lifecycle_1.0.0       irlba_2.3.3           goftest_1.2-2        
##  [55] future_1.18.0         MASS_7.3-51.4         zoo_1.8-8             scales_1.1.1          promises_1.1.1        spatstat.utils_1.17-0
##  [61] parallel_3.6.0        RColorBrewer_1.1-2    yaml_2.2.1            reticulate_1.20       pbapply_1.4-3         gridExtra_2.3        
##  [67] rpart_4.1-15          stringi_1.5.3         rlang_0.4.10          pkgconfig_2.0.3       bitops_1.0-6          evaluate_0.14        
##  [73] lattice_0.20-38       ROCR_1.0-11           tensor_1.5            htmlwidgets_1.5.2     labeling_0.3          tidyselect_1.1.0     
##  [79] RcppAnnoy_0.0.16      plyr_1.8.6            magrittr_1.5          R6_2.5.0              generics_0.0.2        DBI_1.1.1            
##  [85] pillar_1.6.1          withr_2.3.0           mgcv_1.8-28           fitdistrplus_1.1-1    survival_3.2-10       abind_1.4-5          
##  [91] future.apply_1.6.0    crayon_1.3.4          KernSmooth_2.23-15    utf8_1.1.4            plotly_4.9.2.1        grid_3.6.0           
##  [97] digest_0.6.27         xtable_1.8-4          munsell_0.5.0         viridisLite_0.3.0