Блог

Главная - Вопросы по программированию - Неверные цвета при использовании nd2reader для преобразования .nd2 в изображения

Неверные цвета при использовании nd2reader для преобразования .nd2 в изображения

#python #image #matplotlib #png #tiff

Вопрос:

Я использую ND2reader, чтобы объединить каждый цветовой канал (в моем случае 3) и экспортировать в tif. Это пример того, как это должно выглядеть: Исходное изображение, экспортированное из элементов Nis

но вместо этого я получаю это изображение, которое кажется полностью лишенным цветов. Изображение из экспортированного с помощью моего скрипта

выполняя анализ и сравнение изображений с помощью ImageMagick, кажется, что мой скрипт просто не сохраняет его как 16-битный или вообще не комбинирует как 16-битный. Есть какие-нибудь мысли?

Изображение из сценария -> > ImageFromND2_hour0.frame0.png PNG 512x512 512x512 0 0 8-bit sRGB 400303B 0.000u 0:00.002 Изображение из NisElements -> 31.5.21 alk ascending concentration_croppedt01xy01.tif TIFF 512x512 512x512 0 0 16-bit sRGB 1.51925MiB 0.031u 0:00.035

Вот мой код:

 import time
start_time = time.time()
from nd2reader import ND2Reader, legacy
import cv2
import numpy as np
import pandas as pd 
import matplotlib.pyplot as plt
import os
# Print iterations progress

filelocation = 'Nd2 Conversion\31.5.21 ALK ascending concentration_Cropped.nd2'
from nd2reader import ND2Reader
with ND2Reader(filelocation) as images:
    l = len(images) * images[0].metadata['fields_of_view'][-1]
    addition = 100 / l
    np.set_printoptions(precision=3)
    numberoffiles = 0
    for x in range(len(images)):
        for fov in images[x].metadata['fields_of_view']:
            c0 = images.parser.get_image_by_attributes(frame_number=x,field_of_view=fov,channel=0,z_level=0,height=512,width=512)
            c1 = images.parser.get_image_by_attributes(frame_number=x,field_of_view=fov,channel=1,z_level=0,height=512,width=512)
            c2 = images.parser.get_image_by_attributes(frame_number=x,field_of_view=fov,channel=2,z_level=0,height=512,width=512)
            no_img = 3
            imagefinal = c0/no_img   c1/no_img   c2/no_img
            plt.imsave("Nd2 Conversion\ALK Cropped Python\ImageFromND2_hour"   str(x)   ".frame"   str(fov)   ".png", imagefinal)
            numberoffiles  = 1

print("Complete!")
print("--- %s seconds ---" % (time.time() - start_time))
Метки: