#r #lme4 #random-effects #r-formula
Вопрос:
Я пытаюсь найти различия в признаках зараженности животных в разных стадах. Каждое стадо содержит фиксированное количество потомства от 5 разных производителей.
Пример данных:
| Стадо | S | C | Дельтат | Я | sire1 | I1 | sire2 | I2 | sire3 | I3 | sire4 | I4 | sire5 | I5 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 20 | 0 | 14 | 1 | 13 | 0 | 26 | 0 | 46 | 0 | 71 | 0 | 91 | 1 |
| 1 | 1 | 0 | 14 | 5 | 13 | 1 | 26 | 0 | 46 | 2 | 71 | 1 | 91 | 1 |
| 18 | 4 | 0 | 14 | 13 | 2 | 5 | 52 | 4 | 84 | 2 | 87 | 2 | 98 | 0 |
| 19 | 11 | 3 | 14 | 27 | 2 | 6 | 13 | 7 | 18 | 3 | 46 | 5 | 85 | 6 |
Стадо-это название стада. S-количество восприимчивых животных в стаде, C-количество случаев заболевания за интервал времени. deltaT-это длина временного интервала. Сир# — это идентификатор сира в Стаде. I# — это число инфицированных Потомков соответствующего Отца#.
Это означает, что sireID «13» в первых двух строках столбца sire1. Относится к тому же отцу, что и «13» в sire2 последней строки. Включение этих 5 производителей в один случайный эффект в проблеске lme4 создает мне проблемы.
Я пытался:
glmer(data = GLMM_Data,
cbind(C, S-C) ~ (1 | Herd) (1| (I1 | sire1) (I2 | sire2) (I3 | sire3) (I4 | sire4) (I5 | sire5)),
offset = log(GLMM_Data$I/nherds * GLMM_Data$DeltaT),
family = binomial(link="cloglog"))
Это приводило к ошибкам. Поэтому любая помощь в объединении этих 10 столбцов в один случайный фактор будет более чем приветствоваться. Заранее спасибо.
p.s. Я знаю, что мое смещение, семья и левая часть формулы работают, так как анализ восприимчивости работает
Комментарии:
1. Я думаю, что вы, возможно, ищете модели с несколькими памятями, что вы можете сделать с помощью дополнительного слоя с
lme4помощью : bbolker.github.io/mixedmodels-misc/notes/multimember.html , или сbrmsпакетом (но это приведет вас в байесовскую кроличью нору). Связанные заметки имеют функцию обертки , которая работает дляlmer, но не дляglmer. Я мог бы написать дляglmerнего …2. Большое спасибо. Я думаю, что теперь могу решить эту проблему. Если я решу проблему, я опубликую код ниже.