#r #plot #legend #margins #par
Вопрос:
ОБНОВЛЕНИЯ ПРОГРЕССА ВНИЗУ.
Я пытаюсь получить красивую трехмерную двумерную гистограмму, используя hist3D
функцию plot3D
библиотеки. У меня есть сюжет и цвета, которые работают нормально, но я не могу понять, как правильно манипулировать полями и метками осей, и легенда также работает.
В настоящее время я избавляюсь от оригинальных меток оси и добавляю a text3D
(также из plot3D
библиотеки), чтобы заменить их, но я не могу понять, как выделить достаточно места для меток x и y. Пока я работал над этим, помещая метки x в сюжет, но в идеале я бы хотел, чтобы они были под. Однако я не придумал никакой такой временной работы для оси y. Я предполагаю, что это что — то исправлено, par()
но я не могу этого понять.
Просто это то, чего я хотел бы помочь достичь:
- чтобы переместить легенду дальше прямо из области сюжета
- увеличение расстояния между осью x и заголовком для размещения меток
- удаление галочек с осей x и y.
Любая помощь была бы очень признательна. Если вы думаете, что можете получить то, что я ищу, используя разные пакеты, это было бы так же хорошо. Я думаю, что авторы сюжета, который я пытаюсь воспроизвести, использовали Matplotlib, но мне это нужно в R.
Ниже показано, где я сейчас нахожусь, примеры данных и код.
Спасибо!
library(plot3D)
library(viridis)
mydata <- matrix(sample(1:6,18,replace=TRUE), nrow=6)
rownames(mydata) <- c("biological regulation","biological_process",
"cellular aromatic compound metabolic process",
"cellular metabolic process",
"cellular nitrogen compound metabolic process",
"cellular process" )
colnames(mydata) <- c("Group1","Group2","Group3")
mydata
m <- matrix(rep(seq(1:ncol(mydata)),each=nrow(mydata)),
nrow = nrow(mydata))
hist3D(z =mydata, scale = FALSE, expand = 0.1, bty = "g",
theta = 5, phi = 5, d = 2, r=20,
border = "black", shade = 0.2, ltheta = 80, space = 0.8,
ticktype = "detailed", zmin=0, zlim=c(0,max(mydata)),
col= viridis(ncol(mydata)), colvar = m, colkey = F,
xlab = "GO Term", ylab = "", zlab = "Frequency", cex.axis = 1e-9)
#xlabs
text3D(x = seq(0,1,0.2), y = rep(-0.5, 6), z = rep(max(mydata)/2, 6),
labels = rownames(mydata),
add = TRUE, adj = 0.5,
srt = 90, cex = 0.5)
#ylabs
text3D(x = rep(1.4, 3), y = seq(-.2,0.8,0.5), z = rep(0, 3),
labels = colnames(mydata),
add = TRUE, adj = 1)
#zlabs
text3D(x = rep(-0.18, 7), y = rep(0,7), z = seq(-0.1, 5.9,1),
labels = seq(0,max(mydata)),
add = TRUE, adj = 1)
legend("topright",
legend = as.factor(colnames(mydata)), # category labels
col = viridis(ncol(mydata)), # color key
fill = viridis(ncol(mydata)))
ОБНОВЛЕНИЕ ХОДА ВЫПОЛНЕНИЯ
Я отсортировал вырезку текста с использованием par(xpd)
и размеры с использованием par(mar)
, и я получил легенду, используя inset
. До сих пор не могу найти, как удалить клещей. Я думаю, это как-то связано с persp()
этим .
library(plot3D)
library(viridis)
mydata <- matrix(sample(1:6,18,replace=TRUE), nrow=6)
rownames(mydata) <- gsub("( \S ) ", "\1n",
c("biological regulation","biological process",
"cellular aromatic compound metabolic process",
"cellular metabolic process",
"cellular nitrogen compound metabolic process",
"cellular process"))
colnames(mydata) <- c("Group1","Group2","Group3")
mydata
m <- matrix(rep(seq(1:ncol(mydata)),each=nrow(mydata)),
nrow = nrow(mydata))
opar <- par(xpd=TRUE, mar=c(7,4,4,4))
hist3D(z =mydata, scale = FALSE, expand = 0.1, bty = "g",
theta = 5, phi = 5, d = 2, r=20,
border = "black", shade = 0.2, ltheta = 80, space = 0.8,
ticktype = "detailed", zmin=0, zlim=c(0,max(mydata)),
col= viridis(ncol(mydata)), colvar = m, colkey = F,
xlab = "", ylab = "", zlab = "Frequency", cex.axis = 1e-9)
#xlabs
text3D(x = seq(0,1,0.2), y = rep(-0.5, 6), z = rep(-0.5, 6),
labels = rownames(mydata),
add = TRUE, adj = 1,
srt = 90, cex = 0.75)
#ylabs
text3D(x = rep(1.4, 3), y = seq(-.2,0.8,0.5), z = rep(0, 3),
labels = colnames(mydata),
add = TRUE, adj = 1)
#zlabs
text3D(x = rep(-0.18, 7), y = rep(0,7), z = seq(-0.1, 5.9,1),
labels = seq(0,max(mydata)),
add = TRUE, adj = 1)
legend("topright",
legend = as.factor(colnames(mydata)), # category labels
col = viridis(ncol(mydata)), # color key
fill = viridis(ncol(mydata)),
inset=c(-0.1,0))
par(opar)
Ответ №1:
Итак, я обнаружил, что могу отключить все оси, используя axes = F
hist3d
вызов, и этого для меня достаточно. Затем я могу добавлять названия осей по своему желанию.
library(plot3D)
library(viridis)
mydata <- matrix(sample(1:6,18,replace=TRUE), nrow=6)
rownames(mydata) <- gsub("( \S ) ", "\1n",
c("biological regulation","biological process",
"cellular aromatic compound metabolic process",
"cellular metabolic process",
"cellular nitrogen compound metabolic process",
"cellular process"))
colnames(mydata) <- c("Group1","Group2","Group3")
mydata
m <- matrix(rep(seq(1:ncol(mydata)),each=nrow(mydata)),
nrow = nrow(mydata))
opar <- par(xpd=TRUE, mar=c(7,4,4,4))
hist3D(z =mydata, scale = FALSE, expand = 0.1, bty = "g",
theta = 5, phi = 5, d = 2, r=20,
border = "black", shade = 0.2, ltheta = 80, space = 0.8,
ticktype = "detailed", zmin=0, zlim=c(0,max(mydata)),
col= viridis(ncol(mydata)), colvar = m, colkey = F, axes = F)
#xlabs
text3D(x = seq(0,1,0.2), y = rep(-0.5, 6), z = rep(-0.5, 6),
labels = rownames(mydata),
add = TRUE, adj = 1,
srt = 90, cex = 0.75)
#zlabs
text3D(x = rep(-0.18, 7), y = rep(0,7), z = seq(-0.1, 5.9,1),
labels = seq(0,max(mydata)),
add = TRUE, adj = 1)
#z title
text3D(x = -0.6, y = max(mydata)/2 , z = 0,
labels = "Frequency",
add = TRUE, adj = 0.5, srt = 90)
legend("topright",
legend = as.factor(colnames(mydata)), # category labels
col = viridis(ncol(mydata)), # color key
fill = viridis(ncol(mydata)),
inset=c(-0.1,0))
par(opar)