Я очень новичок в R и пытаюсь составить тепловую карту для своего коллеги.

Мне удалось создать тепловую карту, но есть несколько неправильных вещей.

Вот как выглядит мой сюжет в настоящее время:

Что я хотел бы изменить в своем существующем коде:

• Я хотел бы каким-то образом упорядочить имена образцов в моей таблице, чтобы они были сгруппированы вместе. Например, для образца NC_rep1_nogel_wash10_IgG_p150 я хотел бы , чтобы он был сгруппирован со всеми образцами IgG.

Другими словами, я думал о чем-то подобном для упорядочения по осям x и y, но не знал, как это реализовать:

     sample_order <-c(
"NC_rep1_nogel_wash10_IgG_p150",
"NC_rep2_nogel_wash10_IgG_p150",
"XL_rep2_nogel_wash10_IgG_p150",
"NC_rep1_nogel_wash10_p150",
"NC_rep2_nogel_wash10_p150",
"XL_rep2_nogel_wash10_p150"

    )
 

• Я также пытаюсь изменить динамический диапазон цветов. Прямо сейчас трудно увидеть разницу между 20% и 50% на участке. Можно ли также инвертировать цвета?

Мой код:

 library(readxl)
library(tidyverse); library(scales)

best_peak <- read_csv("/Users/kylestangline/OneDrive - Eclipse Bioinnovations Inc/Projects/20210427-eclip-adar005/overlaps/clusters/heatmap.csv")


best_peak %>%
  separate(`Peak Comparison`, into = c("peak1", "peak2"), sep = " vs ") %>%
  mutate(label = paste(percent(Rate, accuracy = 1), comma(Intersection.Value, accuracy = 1), sep = "n")) %>%
  ggplot(aes(peak1, peak2, fill = Rate))  
  geom_tile()  
  geom_text(aes(label = label), size = 1.50, color = "gray80", lineheight = 0.7)  
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))
 

Table

One extra thing about the table: my code grabs the sample names from the Peak Comparison column, where it is separated by » vs »

Если вы преобразуете свои дискретные x отображения и y отображения осей в a factor , вы можете управлять порядком их отображения.

 sample_order <- c(
"NC_rep1_nogel_wash10_IgG_p150",
"NC_rep2_nogel_wash10_IgG_p150",
"XL_rep2_nogel_wash10_IgG_p150",
"NC_rep1_nogel_wash10_p150",
"NC_rep2_nogel_wash10_p150",
"XL_rep2_nogel_wash10_p150" )

best_peak %>%
  separate(`Peak Comparison`, into = c("peak1", "peak2"), sep = " vs ") %>%
  mutate(
   label = paste(percent(Rate, accuracy = 1),
                 comma(Intersection.Value, accuracy = 1), sep = "n"),
   across(c(peak1,peak2),
          ~factor(., levels = sample_order))
    ) %>%
  ggplot(aes(peak1, peak2, fill = Rate))  
  geom_tile()  
  geom_text(aes(label = label), size = 1.50, color = "gray80", lineheight = 0.7)  
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))