Блог

Главная - Вопросы по программированию - biomaRt getBM не работает из-за ошибки getNodeSet {XML}

biomaRt getBM не работает из-за ошибки getNodeSet {XML}

#r #xml #biomart

Вопрос:

Я запускаю следующий код в r, и он не работает. getBM, похоже, не работает ни для каких аргументов. Я делаю что-то не так?

 ibrary(biomaRt)

ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes")
ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl", 
                       dataset = "hsapiens_gene_ensembl", 
                       mirror = "useast")
affyids <- c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
getBM(attributes = c('affy_hg_u133_plus_2', 'entrezgene_id'),
       filters = 'affy_hg_u133_plus_2',
       values = affyids, 
       mart = ensembl)

Ошибка, которую я получаю, заключается в том, что
Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : subscript out of bounds
Я пробовал это как в версии r 3.6.3, так и в версии 4.1

Комментарии:

1. Я думаю, это потому, что сервис биомарт ensembl в настоящее время недоступен. Спасибо.

Ответ №1:

Ensembl временно недоступен в соответствии с https://www.ensembl.org/info/.

Метки: