#r #xml #biomart
Вопрос:
Я запускаю следующий код в r, и он не работает. getBM, похоже, не работает ни для каких аргументов. Я делаю что-то не так?
ibrary(biomaRt)
ensembl <- useEnsembl(biomart = "genes")
ensembl <- useEnsembl(biomart = "ensembl",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
mirror = "useast")
affyids <- c("202763_at","209310_s_at","207500_at")
getBM(attributes = c('affy_hg_u133_plus_2', 'entrezgene_id'),
filters = 'affy_hg_u133_plus_2',
values = affyids,
mart = ensembl)
Ошибка, которую я получаю, заключается в том, что
Error in getNodeSet(html, path = "//div[@class='plain-box float-right archive-box']")[[1]] : subscript out of bounds
Я пробовал это как в версии r 3.6.3, так и в версии 4.1
Комментарии:
1. Я думаю, это потому, что сервис биомарт ensembl в настоящее время недоступен. Спасибо.
Ответ №1:
Ensembl временно недоступен в соответствии с https://www.ensembl.org/info/.