#r
Вопрос:
Я пытаюсь использовать функцию PCAPlot DESeq2 в мета-анализе данных.
Большинство файлов, которые я получил, являются необработанными, предварительно нормализованными. Затем я запускаю DESeq2, чтобы нормализовать их, а затем запускаю PCAPlot.
В одном из файлов, которые я получил, нет необработанных подсчетов или даже файлов FASTQ, только данные, которые уже были нормализованы с помощью DESeq2.
Как я мог бы импортировать эти данные (нецелые числа) в качестве объекта DESeqDataSet после того, как он уже был нормализован?
Комментарии:
1. Лучше перенести это в bioinformatics.stackexchange.com Я думаю.
2. Понял. Мне просто перепечатать его или есть функция переноса?
Ответ №1:
Консенсус в виньетках и других комментариях, по-видимому, заключается в том, что объекты могут быть построены только из матриц целых чисел.
Меня в основном заботило то, чтобы формат был одинаковым между сюжетами. В конечном счете, я просто использовал обходной путь, чтобы графики выглядели одинаково с помощью ggfortify.
Если кому-то интересно, я только что закончил этим заниматься. Обратите внимание, что файл «имена» просто организован как мета-файл для colData для создания объекта DESeq из матрицы DESeqDataSetFrom, но я изменил имя столбца «дизайн» с «условия» на «группа», чтобы он соответствовал выводу PCAplot. Должно выглядеть одинаково.
library(ggfortify)
data<-read.csv('COUNTS.csv',sep = ",", header = TRUE, row.names = 1)
names<-read.csv("NAMES.csv")
PCA<-prcomp(t(data))
autoplot(PCA, data = names, colour = "group", size=3)