Запись макроса в ImageJ для открытия, изменения цвета, регулировки яркости и повторного сохранения изображений микроскопа

#image #imagej #imagej-macro

Вопрос:

Я пытаюсь написать код в образе J, который будет:

Откройте все изображения в отдельных окнах, содержащих «488» в папке Используйте таблицы поиска для преобразования изображений в зеленый и RGB цвета Из ImageJ, команды: выполнить(«Зеленый»); и выполнить(«Цвет RGB»); Отрегулируйте яркость и контрастность с определенными значениями для Min и Max (одинаковые значения для каждого изображения). Я знаю, что код для этого таков:

//выполнить(«Яркость/контрастность…»); setMinAndMax(значение min, значение max); выполнить(«Применить LUT»);

Сохраните каждое изображение в той же исходной папке, в формате Tiff и с тем же именем , но заканчивая «обработано».

У меня нет опыта работы с Java, и я очень плохо разбираюсь в кодировании. Я попытался собрать что-то воедино, используя код, который я нашел на stackoverflow и на веб-сайте ImageJ, но продолжал получать коды ошибок. Любая помощь будет очень признательна!

Ответ №1:

Я не знаю, нужно ли вам это еще, но вот пример.

 output_dir = "C:/Users/test/"
input_dir = "C:/Users/test/"

list = getFileList(input_dir);
listlength = list.length;

setBatchMode(true);
for (z = 0; z < listlength; z  ){
    if(endsWith(list[z], 'tif')==true ){
        if(list[z].contains("488")){
        title = list[z];
            end = lengthOf(title)-4;
            out_path = output_dir   substring(title,0,end)   "_processed.tif";
            open(input_dir   title);
            //add all the functions you want
            run("Brightness/Contrast...");
            setMinAndMax(1, 15);
            run("Apply LUT");
            saveAs("tif", ""   out_path   "");
            close();
            };
    
        run("Close All");
        }
    }

setBatchMode(false);

 

Я думаю, что в нем есть все, что вам нужно. Он открывает все изображения (в определенной папке) , которые заканчиваются на tif и содержат 488. Я не совсем понял, что вы хотите делать с каждой фотографией, поэтому я просто добавил ваши функции. Но у вас, вероятно, не возникнет проблем с добавлением большего/другого, так как вы можете получить их с помощью macro recorder.
И код написан для открытия файлов tif. Если у вас есть tiff, просто будьте уверены, что вы измените это, а также измените -4 на -5.