Блог

У меня есть файл fasta выровненных последовательностей, для которых я хочу создать филогенетическое дерево. Я могу создать обычное ветвистое дерево, подобное этому… Нормальное разветвленное филогенетическое дерево

но хотел бы преобразовать его так, чтобы он выглядел примерно так…Круглое филогенетическое дерево

Код, который я использовал до сих пор, приведен ниже (out_file-это путь к выровненному файлу fasta).

 
from Bio import AlignIO
from Bio import Phylo
from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceTreeConstructor
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

align = AlignIO.read(out_file, "fasta")
# print(align)

from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator
calculator = DistanceCalculator('identity')
dm = calculator.get_distance(align)


constructor = DistanceTreeConstructor()
tree = constructor.upgma(dm)


Phylo.draw_ascii(tree)