Блог

Я новичок в R, и я разработал простое приложение shiny для загрузки файлов imzML с помощью пакета Cardinal, но когда я пытаюсь визуализировать интенсивность масс (mz), shiny не показывает никакого графика. Однако код, который я написал, прекрасно работает вне контекста shiny. Ниже приведен мой код, и спасибо вам!

 C_WrkngDir = getwd()
setwd(C_WrkngDir )
library(shiny)
library(Cardinal)
library(plotly)                                          
library(ggplot2)
library(dplyr)
library(igraph)
options(shiny.maxRequestSize = 200*1024^2)
testReader <- ReadMSI("Clustering/RawData/RawBrainData.imzml")
RawDf <- Cardinal::iData(testReader)   # dataframe for intensity vals.

Cardinal::plot(testReader, mz = 237.873)
ui <- tagList(
         shinythemes::themeSelector(),
         navbarPage(
             h4("MSI reader"),
        # tabs can be added below:
        #                               (TAB1)
             tabPanel("Load amp; Process",
                      sidebarPanel(
                          fileInput(inputId = "ReadImzML", "Choose imzML/or ibd file(s)",
                                    multiple = F, # for now, this only allows input of one file
                                    accept = c(".imzml",
                                               ".ibd")),
     # place for m/z plots
     plotOutput("plt", height = 300))),    # place for the plot on the UI
     #                               (TAB2)
     tabPanel("Clustering"),
     #                               (TAB3)
     tabPanel("ImageRegistration")))

server <- function(input, output) {    
    ### RawInput      <- reactive(as(RawData, "MSImagingExperiment"))                 
         file1        <-  reactive(RawData)                             
         RawDf        <<- reactive(Cardinal::iData(file1()))                                                
         output$plt <- renderPlot({reactive(Cardinal::plot(RawDf, mz = 237.873))     # No Result !
         })    
}         
#### Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)
    
 

Как только приложение shiny загружено и введены данные, оно выглядит следующим образом:

Загружая данные imzML, график не отображается!

Ожидаемый результат приведенного выше кода должен быть следующим: Ожидаемый результат!