Блог

Есть довольно много сообщений об этой ошибке, но я не смог ее решить, надеюсь, вы сможете найти решение. Я нахожусь на компьютере с Ubuntu.

~/graphmap2$

В этой папке я скачал zlib. Вы можете увидеть картинку

После некоторого поиска в Google я также заметил, что -lz параметра нет, поэтому я также добавил его вручную, как вы можете видеть ниже

Однако я все равно получаю ту же ошибку, что и тогда, когда ничего из вышеперечисленного сделано не было.

Может быть, путь к zlib не ясен для компилятора? Однако я установил его в эту же папку.

Файл make выглядит следующим образом:

 BIN = ./bin/graphmap2
BIN_DEBUG = ./bin/graphmap-debug
BIN_LINUX = ./bin/Linux-x64/graphmap2
BIN_MAC = ./bin/Mac/graphmap
OBJ_TESTING = ./obj_test
OBJ_TESTING_EXT = ./obj_testext
OBJ_DEBUG = ./obj_debug
OBJ_LINUX = ./obj_linux
OBJ_EXTCIGAR = ./obj_extcigar
OBJ_MAC = ./obj_mac
SOURCE = src
CODEBASE = codebase
# This finds all 'src' folders at maximum depth 2 (level one inside each submodule's folder).
CODEBASE_SRC_FOLDERS = $(shell find $(CODEBASE) -maxdepth 2 -type d -name "src" -exec echo "-I"{} ;)
# $(shell find $(CODEBASE) -maxdepth 3 -type d -name "libs" -exec echo "-I"{} ;)
# $(shell find $(CODEBASE) -maxdepth 2 -type d -name "src" -exec echo "-I"{}"/*/" ;)

# ? allows override by user using env var
GCC ?= g  
# define variables for GCC version check here
GCC_MAJOR_VERSION_GE_4 := $(shell expr `$(GCC) -dumpversion | cut -f1 -d.` >= 4)
GCC_MINOR_VERSION_GE_7 := $(shell expr `$(GCC) -dumpversion | cut -f2 -d.` >= 7)
GCC_MAC ?= g  


# CPP_FILES := $(wildcard $(SOURCE)/*/*.cpp) $(wildcard $(SOURCE)/*.cpp) $(wildcard $(SOURCE)/libs/*/*.cpp)
# CC_FILES := $(wildcard $(SOURCE)/*/*.cc) $(wildcard $(SOURCE)/*.cc) $(wildcard $(SOURCE)/libs/*/*.cc)
# H_FILES := $(wildcard $(SOURCE)/*/*.h) $(wildcard $(SOURCE)/*.h) $(wildcard $(SOURCE)/libs/*/*.h)
CPP_FILES :=  $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*.cpp) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/libs/*/*.cpp) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*/*.cpp) $(wildcard $(SOURCE)/*/*.cpp) $(wildcard $(SOURCE)/*.cpp) $(wildcard $(SOURCE)/libs/*/*.cpp)
CC_FILES :=  $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*.cc) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/libs/*/*.cc) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*/*.cc) $(wildcard $(SOURCE)/*/*.cc) $(wildcard $(SOURCE)/*.cc) $(wildcard $(SOURCE)/libs/*/*.cc)
H_FILES := $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*.h) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/libs/*/*.h) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*/*.h) $(wildcard $(SOURCE)/*/*.h) $(wildcard $(SOURCE)/*.h) $(wildcard $(CODEBASE)/*/src/*.hpp) $(wildcard $(CODEBASE)/*$
OBJ_FILES := $(CPP_FILES:.cpp=.o) $(CC_FILES:.cc=.o)
OBJ_FILES_FOLDER_TESTING := $(addprefix $(OBJ_TESTING)/,$(OBJ_FILES))
OBJ_FILES_FOLDER_TESTING_EXT := $(addprefix $(OBJ_TESTING_EXT)/,$(OBJ_FILES))
OBJ_FILES_FOLDER_DEBUG := $(addprefix $(OBJ_DEBUG)/,$(OBJ_FILES))
OBJ_FILES_FOLDER_LINUX := $(addprefix $(OBJ_LINUX)/,$(OBJ_FILES))
OBJ_FILES_FOLDER_EXTCIGAR := $(addprefix $(OBJ_EXTCIGAR)/,$(OBJ_FILES))
OBJ_FILES_FOLDER_MAC := $(addprefix $(OBJ_MAC)/,$(OBJ_FILES))

LIB_DIRS = -L"/usr/local/lib"
CC_LIBS = -static-libgcc -static-libstdc   -D__cplusplus=201103L
# INCLUDE = -I"./src/" -I"/usr/include/" -I"libs/libdivsufsort-2.0.1/build/include" -I"libs/seqan-library-1.4.2/include"
# INCLUDE = -I"./src/" -I"/usr/include/" -I"src/libs/seqan-library-1.4.2/include"
INCLUDE = -I"./src/" -I"/usr/include/" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/seqan-library-2.0.1/include" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/libdivsufsort-2.0.1-64bit/" $(CODEBASE_SRC_FOLDERS)

CC_FLAGS_DEBUG = -O3 -g -rdynamic -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 -std=c  11 -Werror=return-type -pthread -march=native -lz
CC_FLAGS_RELEASE = -DRELEASE_VERSION -g -O3 -fdata-sections -ffunction-sections -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 -std=c  11 -Werror=return-type -pthread -lz # -march=native
CC_FLAGS_EXTCIGAR = -DRELEASE_VERSION -DUSE_EXTENDED_CIGAR_FORMAT -g -O3 -fdata-sections -ffunction-sections -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 -std=c  11 -Werror=return-type -pthread -march=native -lz
CC_FLAGS_NOT_RELEASE = -g -O3 -fdata-sections -ffunction-sections -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 -std=c  11 -Werror=return-type -Wuninitialized -pthread -march=native -lz
CC_FLAGS_NOT_RELEASE_EXT = -g -O3 -DUSE_EXTENDED_CIGAR_FORMAT -fdata-sections -ffunction-sections -c -fmessage-length=0 -ffreestanding -fopenmp -m64 -std=c  11 -Werror=return-type -Wuninitialized -pthread -march=native -lz               LD_FLAGS = -static-libgcc -static-libstdc   -m64 -ffreestanding -lz
# LD_LIBS = -lpthread -lgomp -lm -lz -ldivsufsort64
LD_LIBS = -lpthread -lgomp -lm -lz



all: gcc_version_check linux

install: /usr/bin/graphmap

/usr/bin/graphmap: bin/Linux-x64/graphmap
        cp bin/Linux-x64/graphmap /usr/bin/graphmap

modules:
        git submodule update --init --recursive
        # git submodule foreach git pull origin master

testing: $(OBJ_FILES_FOLDER_TESTING)
        mkdir -p $(dir $(BIN))
        $(GCC) $(LD_FLAGS) $(LIB_DIRS) -o $(BIN) $(OBJ_FILES_FOLDER_TESTING) $(LD_LIBS)

obj_test/%.o: %.cc $(H_FILES)
        mkdir -p $(dir $@)
        $(GCC) $(CC_LIBS) $(INCLUDE) $(CC_FLAGS_NOT_RELEASE) -o $@

lt;

obj_test/%.o: %.cpp $(H_FILES)

        mkdir -p $(dir $@)

        $(GCC) $(CC_LIBS) $(INCLUDE) $(CC_FLAGS_NOT_RELEASE) -o $@

lt;
testingext: $(OBJ_FILES_FOLDER_TESTING_EXT)

        mkdir -p $(dir $(BIN))                                                                                                                                                                                                                       $(GCC) $(LD_FLAGS) $(LIB_DIRS) -o $(BIN) $(OBJ_FILES_FOLDER_TESTING_EXT) $(LD_LIBS)
obj_testext/%.o: %.cc $(H_FILES)

        mkdir -p $(dir $@)

        $(GCC) $(CC_LIBS) $(INCLUDE) $(CC_FLAGS_NOT_RELEASE_EXT) -o $@

lt;
obj_testext/%.o: %.cpp $(H_FILES)

        mkdir -p $(dir $@)

        $(GCC) $(CC_LIBS) $(INCLUDE) $(CC_FLAGS_NOT_RELEASE_EXT) -o $@

lt;
gcc_version_check:

ifneq ($(GCC_MAJOR_VERSION_GE_4), 1)

        $(warning "*** WARNING $(GCC) major version <4 ***")

endif

ifneq ($(GCC_MINOR_VERSION_GE_7), 1)

        $(warning "*** WARNING $(GCC) minor version <7 ***")

endif

 

Есть какие-нибудь идеи?

Похоже, компилятор не может найти файл по указанному вами пути.
Сначала проверьте, доступен ли zconf.h файл на вашем компьютере, и найдите это местоположение. Если файл доступен, просто укажите путь к файлу компилятору с помощью -I опции.

 INCLUDE = -I"<YourPath>" -I"./src/" -I"/usr/include/" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/seqan-library-2.0.1/include" -I"$(CODEBASE)/seqlib/src/libs/libdivsufsort-2.0.1-64bit/" $(CODEBASE_SRC_FOLDERS)

 

Если сам файл отсутствует, то вам нужно будет его установить

 sudo apt-get install libz-dev
 

Основываясь на информации, которой поделился @Кнуд Ларсен :
Имя пакета Ubuntu-zlib1g-dev, откуда вы можете получить отсутствующий файл. /usr/включить/zconf.h
https://packages.ubuntu.com/focal-updates/amd64/zlib1g-dev/filelist

Просто для справки на будущее, то, что упомянул Альтаф, верно. Более того, вы можете продолжать добавлять вещи, которые находятся не в нужном месте, точно так же, как это. Найдите их, а затем добавьте вручную.

Если файл makefile не очень большой, в конечном итоге все будет в порядке. Однако это не масштабируется в общем случае, и, возможно, следует изменить файл makefile более радикальным способом.