#cytoscape
Вопрос:
Можно ли показать анализ окрестностей с относительными расстояниями по определенным баллам в цитоскейпе? В качестве примера: 2=не в прямой окрестности, 1=в прямой окрестности, 0=случайная перестановка.
Принимать большие значения-это очень хорошо, и я также буду использовать это в своем анализе. К сожалению, мне все еще неясно, какой метод я должен использовать для визуализации относительных расстояний. Согласно тому, что я прочитал, парадигма «направленная сила» должна быть лучшим решением для моего анализа. Кто — нибудь согласен с этим? Заранее спасибо и с наилучшими пожеланиями, Джошуа
Ответ №1:
Конечно, вы, безусловно, могли бы сделать что-то подобное. Реальный вопрос в том, как бы вы хотели, чтобы выглядела сеть? Если вы пытаетесь увидеть какой-то эффект кластеризации, используя ваши относительные расстояния, я бы использовал разные числа-возможно, 100=не в непосредственной близости, 1=в непосредственной близости и пустые для случайных перестановок. Если вы хотите использовать свои относительные расстояния для чего-то другого (например, для типа края или цвета), масштабирование не должно иметь значения. — скутер