#r #legend #heatmap #colorbrewer
Вопрос:
У меня есть большой набор данных об экспрессии генов. Строки-это гены. Столбцы представляют собой СПЕЦИФИЧЕСКИЕ ткани — так что это экспрессия генов в этой ткани
Я использую следующий код для создания тепловой карты:
heatmap(expression_all_tissues_matrix, scale= "column",col=brewer.pal(9,"Blues"))
Я не знаю, как создать легенду. Я пытался сделать легенду/ключ отдельно, но я не могу понять, как использовать «Блюз» в brewer.pal.
Спасибо!
Ответ №1:
Использование пакета pheatmap с его одноименной функцией позволяет получить то, что вы ищете. Следующий код позволяет использовать условные обозначения на одном и том же графике.
require(pheatmap)
require(RColorBrewer)
pheatmap(as.matrix(expression_all_tissues_matrix),color=brewer.pal(9,"Blues"))
Вы также можете использовать несколько аргументов для объединения строк и столбцов путем кластеризации, но если вы не хотите их классифицировать, просто используйте аргументы cluster_rows = F и cluster_col = F . Не забудьте нормализовать данные, это может помочь вам получить более качественную визуализацию. Используйте ?pheatmap для получения дополнительной информации.