Блог

Пакет Fragman считывает файлы .fsa, которые содержат данные о некоторых пиках. Каждый файл содержит пики в 5 каналах или цветах. Ось x-это время в секундах, а ось y-высота пика. Один канал представляет собой лестницу, которая содержит пики известного размера в единицах базовой пары (bp). Фрагман использует этот лестничный канал для преобразования оси x всех каналов в единицы измерения bp. Затем он отображает цифры на графиках, с bp по оси x и высотой пика по оси y.

Вместо того, чтобы строить данные, мне нужны необработанные данные с соответствующими значениями bp — в идеале три столбца для каждого файла .fsa: 1) пиковая высота 2) время в секундах 3) размер в bp.

Взглянув на код в функции «обзор 2» (Fragman:::обзор 2), эта функция создает необходимые мне данные, а затем использует их для построения графика. Однако я не вижу в функции, какой объект лучше всего попытаться вернуть. Сможет ли кто-нибудь мне помочь?

Вот отработанный пример:

 data(my.plants)
my.plants <- my.plants[1:2] #this is what the .fsa data looks like
plot(my.plants) #converts it to what the .fsa data looks like after the program's imported it.
my.ladder <- c(50, 75, 100, 125, 129, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 325, 350, 375) #the size of the known peaks in the ladder channel
ladder.info.attach(stored=my.plants, ladder=my.ladder) #This function adds the known peak heights to the ladder channel.
overview2(my.inds=my.plants, channel = 2:3, ladder=my.ladder, init.thresh=5000) #This is the function that converts the x-axis from seconds to bp, but it then carries on and plots the data. I just want it to export a list or table for each file.