#r #matrix #long-integer #pairwise #pheatmap
Вопрос:
Я пытаюсь создать тепловую карту с кластеризацией, которая основана на попарных вычислениях в длинной форме. Я бы хотел, чтобы тепловая карта была симметричной по диагонали, но в настоящее время я не могу получить значения для нижнего треугольника, и у меня нет значения для каждого квадрата.
Есть какие-нибудь предложения? Это то, что у меня есть до сих пор:
aai <- read.table(file = "./aai.tsv")
aai <- aai[with(aai, order(query1,query2)),]
xaai <- xtabs(aai$percentage ~ aai$query1 aai$query2)
pheatmap(xaai)
> head(aai)
query1 query2 percentage
145 Eacroporae_Acr1 Eacroporae_Acr14 98.58
149 Eacroporae_Acr1 Eacroporae_Acr5 99.92
147 Eacroporae_Acr1 Earenosclerae_AB112 67.07
162 Eacroporae_Acr1 Earenosclerae_EMC227 64.22
150 Eacroporae_Acr1 Eascidiicola_AVMART05 76.41
160 Eacroporae_Acr1 Eascidiicola_KASP37 76.60
