Блог

Главная - Вопросы по программированию - Прочитайте файлы LSR для получения необработанных данных (R)

Прочитайте файлы LSR для получения необработанных данных (R)

#r #arrays #bioconductor

Вопрос:

Я пытаюсь прочитать набор данных из Array Express (E-GEOD-32992). Я нахожу проблему в том, что необработанные данные находятся в файле типа, отличного от CEL (единственного, который я знаю для обработки)

 SDRF$Array.Data.File
-------------------------------
 [1] "GSM817257_12_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR" "GSM817257_12_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"
 [3] "GSM817257_12_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR" "GSM817257_12_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"
 [5] "GSM817256_6_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817256_6_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
 [7] "GSM817256_6_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817256_6_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
 [9] "GSM817255_4_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817255_4_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[11] "GSM817255_4_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817255_4_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[13] "GSM817254_2_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817254_2_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR" 
[15] "GSM817254_2_h_treated_Cy5_vs_control_Cy3.LSR"  "GSM817254_2_h_treated_Cy3_vs_control_Cy5.LSR"

Кто-нибудь знает, есть ли в R команда, аналогичная:

read.celfiles(files, phenodata=SDRF)

но для извлечения необработанных данных из этих файлов LSR?

Метки: